Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001943`

染色体: Chr06 坐标: 23865871-23867434 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001943`
名称	SmilChr06G001943
描述	geranylfarnesyl diphosphate synthase, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	23865871 - 23867434 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988920`
GeneID	`130988920`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988920`
原始查询	`LOC130988920`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	geranylfarnesyl diphosphate synthase, chloroplastic-like
产物	geranylfarnesyl diphosphate synthase%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT4G36810` (GGPS1) geranylgeranyl pyrophosphate synthase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829834] identity=62.1; qcov=0.904; evalue=7.12e-138; confidence=high
Rice	`Os07g0580900` (OsGGPPS1) - identity=61.7; qcov=0.886; evalue=1.2e-110; confidence=high
GO	GO:0004311 (geranylgeranyl diphosphate synthase activity); GO:0008299 (isoprenoid biosynthetic process)
KEGG	smil00900 (Terpenoid backbone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00348 (polyprenyl_synt)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988920

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.80000	`XP_057768888.1`
2	Peroxisome	过氧化物酶体	0.80000	`XP_057768888.1`
3	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057768888.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768888.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768888.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:23865980`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr6:23866039`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B13
`Chr6:23866166`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr6:23866270`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,B140
`Chr6:23866280`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B28,C87,D5
`Chr6:23866292`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B56,B96,C19,C59
`Chr6:23866319`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,B140
`Chr6:23866382`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B140,D11
`Chr6:23866462`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr6:23866788`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B21,B61,B98,C47,D1
`Chr6:23866860`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B28,C87,D5
`Chr6:23866864`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768888.1

342 aa

171

342

polyprenyl_synt

PF00348 polyprenyl_synt 76-315 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768888.1`	Pfam	`PF00348`	polyprenyl_synt	Domain	76	315	6e-53	180.3	Polyprenyl synthetase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912905.1
TGAAGAGGTAGGATATATTTATTAGTTGTCAAAGTGGAATAGAAGAATAAGATTAGACTTTTTTTCTAGCACGGGCAATCCTATTGAATAATATGGATGGCTTATCAAATATTCATATAAACTAAAAGTATTTATTTATCTTGGATTATATAGGCTATCAAAGACTTCTTTAACATGTTTGGAGGAGGGGACGTTCTCCAACCATTGTAGCAGGCACGAATTCTGGTTTGGATTGGGTTGGACCAATTAAATTTTGGCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988920
ATGAATCTTTGCCCCAATTTTTTCCGCAAGTTTAGATGGATTCACTCTTGCAGATGGCTTCCTCCTCCACTAACTCACAAGCTTCACACACCAATCCGATTCACTTCAAATCAAACTCACCACCAAAACCAAAAACTAGTCTTCGATTTCAAGGCATACATGCTCGAAAAGATAGCCGCCGTGAACGCGGCGCTCGACGCCGCGCTCCCGCTGCGCCACCCGGCCAAGCTCCACGAAGCGATGCGCTACTCCCTCCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768888.1
MNLCPNFFRKFRWIHSCRWLPPPLTHKLHTPIRFTSNQTHHQNQKLVFDFKAYMLEKIAAVNAALDAALPLRHPAKLHEAMRYSLLSGGKRVCPIVCLAACRLVGGEDAAAMPSACALEMIHAMSLIHDDLPCMDDDDLRRGRPSNHKVFGEPAAVLAGYALIASAFEHIATATEGVPAERTLRVIGEVARLIGAEGVVAGQVVDLRSGGGGDDVGLEKLEYIHVHKTAAAVEAAAVAGAVLGGACEEEIGNVRIYARRA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器