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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001956

染色体: Chr06 坐标: 24268004-24271917 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001956
名称SmilChr06G001956
描述uncharacterized SmilChr06G001956
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向24268004 - 24271917 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988931
GeneID130988931
locus_tag-
NCBI NameLOC130988931
原始查询LOC130988931

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述M28 Zn-peptidase nicastrin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823558]; symbol=AT3G44330; hit=AT3G44330; species=arabidopsis; confidence=low
产物M28 Zn-peptidase nicastrin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823558]; symbol=AT3G44330; hit=AT3G44330; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G44330 (AT3G44330)
M28 Zn-peptidase nicastrin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823558]
identity=75.7; qcov=0.336; evalue=2.31e-12; confidence=low
RiceOs08g0102100
-
identity=73; qcov=0.336; evalue=4.54e-12; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988931

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057768904.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057768902.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057768907.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768902.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768902.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:24268468 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,C16
Chr6:24268479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:24268483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr6:24268490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C50,C57
Chr6:24268508 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B6,C39,C67
Chr6:24268526 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B127,B132,C30,C49
Chr6:24269374 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B30,C36
Chr6:24269394 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr6:24269396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C42
Chr6:24269403 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C82
Chr6:24270338 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B58,B7,C32,C69
Chr6:24271038 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C40,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

21 records

下载 cDNA FASTA
XR_009090265.1
AAATTAAACATTGTAAATGAATATGGGATCCATCGATCCACCAAAGTCGACCACCCCATTTCTGCAATTTCTTTTCTCCGCGCCAATCACAAGATATCCATTTCACCCCCACCGGCGATTCGCCCTACCAGCCGCAACCGCGATCTGCCACCTTCCACTGCGATTCGCCGCTCCCTGCTTTGGGATTCAACCATGGATTATCGCCGCATCGGCACCCACCGCGACTCGCCGCGCCATCGTCAACGGCCACTCTGACTCCG...
XR_009090266.1
AAATTAAACATTGTAAATGAATATGGGATCCATCGATCCACCAAAGTCGACCACCCCATTTCTGCAATTTCTTTTCTCCGCGCCAATCACAAGATATCCATTTCACCCCCACCGGCGATTCGCCCTACCAGCCGCAACCGCGATCTGCCACCTTCCACTGCGATTCGCCGCTCCCTGCTTTGGGATTCAACCATGGATTATCGCCGCATCGGCACCCACCGCGACTCGCCGCGCCATCGTCAACGGCCACTCTGACTCCG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130988931
ATGGAGGTGTTGAAAGCTCAAAACTGCACTTCCCCCACCACGATTCGCCCCGCTGGCCTCCGCCGCGATCTGCCACCTCCCTTACTCCCTCCCCCACCGCGATTCGCGGCGTCGGCCCTGCATCGATCTACGCATGGAATATTGCAGGACAAGAGAGATTTAGGAGTCTCATCCCAAGATAATATAAGAGACTCCTTTGTTGTAGTCATAGTTTATGATGTTGAACCACGTGCAGTCGTTGCTCTGCATGCTCTCAGCGG...
LOC130988931
ATGGAGGTGTTGAAAGCTCAAAACTGCACTTCCCCCACCACGATTCGCCCCGCTGGCCTCCGCCGCGATCTGCCACCTCCCTTACTCCCTCCCCCACCGCGATTCGCGGCGTCGGCCCTGCATCGATCTACGCATGGAATATTGCAGGACAAGAGAGATTTAGGAGTCTCATCCCAAGATAATATAAGAGACTCCTTTGTTGTAGTCATAGTTTATGATGTTGAACCACGTGCAGTCGTTGCTCTGCATGCTCTCAGCGG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057768902.1
MEVLKAQNCTSPTTIRPAGLRRDLPPPLLPPPPRFAASALHRSTHGILQDKRDLGVSSQDNIRDSFVVVIVYDVEPRAVVALHALSGKALLTCFYSFICSSCLKFSVAWEHGQFSRLRVTAATLSELSVAPDYIESAGGLSDSML
XP_057768904.1
MPTQCSFLFFCRNRIPYGEILIAELLMVKRLMVKRIGILQDKRDLGVSSQDNIRDSFVVVIVYDVEPRAVVALHALSGKALLTCFYSFICSSCLKFSVAWEHGQFSRLRVTAATLSELSVAPDYIESAGGLSDSML

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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