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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002063

染色体: Chr06 坐标: 27121943-27126828 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002063
名称SmilChr06G002063
描述PI-PLC X domain-containing protein At5g67130
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向27121943 - 27126828 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988961
GeneID130988961
locus_tag-
NCBI NameLOC130988961
原始查询LOC130988961

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述PI-PLC X domain-containing protein At5g67130
产物PI-PLC X domain-containing protein At5g67130
ArabidopsisAT5G67130 (AT5G67130)
PLC-like phosphodiesterases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836848]
identity=75; qcov=0.813; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0115600
-
identity=68.1; qcov=0.875; evalue=0; confidence=high
GOGO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0008081 (phosphoric diester hydrolase activity)
KEGG-
PfamPF26146 (PI-PLC_X)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988961

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057768932.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768932.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768932.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768932.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768932.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:27122482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B84,C74,D10
Chr6:27122566 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr6:27124498 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr6:27124644 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C74,D10
Chr6:27124914 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,C49
Chr6:27124915 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,C43,D7
Chr6:27125032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr6:27125195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr6:27125234 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr6:27126386 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,C74,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768932.1
423 aa
N
1
212
423
PI-PLC_X
C
PF26146 PI-PLC_X 112-332 aa
XP_057768933.1
423 aa
N
1
212
423
PI-PLC_X
C
PF26146 PI-PLC_X 112-332 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768932.1 Pfam PF26146 PI-PLC_X Domain 112 332 3.9e-19 69.9 PI-PLC X 1
XP_057768933.1 Pfam PF26146 PI-PLC_X Domain 112 332 3.9e-19 69.9 PI-PLC X 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009090342.1
TAAATTATTAAAGCTGAAACGAAGCTACCATACCATGCCCACAAAAATAAGCGACTTTCCCTCCATTAGAAATATATACTACTGTATATAGTTGAACATAAATGACAAGTTCCAGTGTATATCTTTGCCCTTTTTCTCTATCTTTCCCTTTTCACTTTTATTTTCATCTCTTTGTCGGAGGTGGGTTTGCAGTTGAAGAGAGAGAAGGAAGAGAGGGAGACATTGGAACGCAAACACAATCTGTGTCGTAGAGTCCACAC...
XR_009090343.1
ACATAAATGACAAGTTCCAGTGTATATCTTTGCCCTTTTTCTCTATCTTTCCCTTTTCACTTTTATTTTCATCTCTTTGTCGGAGGTGGGTTTGCAGTTGAAGAGAGAGAAGGAAGAGAGGGAGACATTGGAACGCAAACACAATCTGTGTCGTAGAGTATGAGGGCATGCAGCAGCGCTGCATTTGGTATGGGGAGCCATTATTGGCCCTTGCTCATCACAGCTCTCTTCTTCGCTCCCACCACCACCGCCTGCTCCAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988961
ATGAGGGCATGCAGCAGCGCTGCATTTGGTATGGGGAGCCATTATTGGCCCTTGCTCATCACAGCTCTCTTCTTCGCTCCCACCACCACCGCCTGCTCCAACGCCGAATGTCAGCTTCTCGAATCATGCTCTACCGCCACCGACTGCGCCACGGGCCTTTACTGTGGGAATTGCCCCTCACTCGGGAAATCACAGCCTTTCTGCATCAGGGGCCAAGCTCCAATCCCTACTTCCATGATTAGTGGGCTGCCCTTTAACAA...
LOC130988961
ATGAGGGCATGCAGCAGCGCTGCATTTGGTATGGGGAGCCATTATTGGCCCTTGCTCATCACAGCTCTCTTCTTCGCTCCCACCACCACCGCCTGCTCCAACGCCGAATGTCAGCTTCTCGAATCATGCTCTACCGCCACCGACTGCGCCACGGGCCTTTACTGTGGGAATTGCCCCTCACTCGGGAAATCACAGCCTTTCTGCATCAGGGGCCAAGCTCCAATCCCTACTTCCATGATTAGTGGGCTGCCCTTTAACAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057768932.1
MRACSSAAFGMGSHYWPLLITALFFAPTTTACSNAECQLLESCSTATDCATGLYCGNCPSLGKSQPFCIRGQAPIPTSMISGLPFNKYSWLVTHNAFSIVDAPLLTGAQRVTFYNQEDSVTNQLMNGVRGLMLDMYDFENDIWLCHSFRGQCYNFTAFEPAIDTLKEVEAFLTQNPSEIVTIIIEDYVRTPKGLTRVFADAGLDKYWFPVAKMPKRGADWPTVNSMVKNNYRLLVFTSDSSKEASEGIAYQWKYMVENES...
XP_057768933.1
MRACSSAAFGMGSHYWPLLITALFFAPTTTACSNAECQLLESCSTATDCATGLYCGNCPSLGKSQPFCIRGQAPIPTSMISGLPFNKYSWLVTHNAFSIVDAPLLTGAQRVTFYNQEDSVTNQLMNGVRGLMLDMYDFENDIWLCHSFRGQCYNFTAFEPAIDTLKEVEAFLTQNPSEIVTIIIEDYVRTPKGLTRVFADAGLDKYWFPVAKMPKRGADWPTVNSMVKNNYRLLVFTSDSSKEASEGIAYQWKYMVENES...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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