Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002075

染色体: Chr06 坐标: 27365614-27370997 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002075
名称SmilChr06G002075
描述histidinol dehydrogenase, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向27365614 - 27370997 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988973
GeneID130988973
locus_tag-
NCBI NameLOC130988973
原始查询LOC130988973

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述histidinol dehydrogenase, chloroplastic
产物histidinol dehydrogenase%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G63890 (HDH)
histidinol dehydrogenase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836509]
identity=82.3; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0232700 (HDH)
-
identity=82.6; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000105 (L-histidine biosynthetic process); GO:0004399 (histidinol dehydrogenase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009570 (chloroplast stroma); GO:0046872 (metal ion binding); GO:0051287 (NAD binding)
KEGGsmil00340 (Histidine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00815 (Histidinol_dh)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988973

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057768945.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057768942.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057768945.1
4 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.60000 XP_057768942.1
5 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057768945.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:27366873 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr6:27366888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr6:27366889 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr6:27367424 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr6:27367433 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B40,B76,B9,C38
Chr6:27367824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr6:27370232 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:27370624 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:27370738 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768942.1
477 aa
N
1
238
477
Histidinol_dh
C
PF00815 Histidinol_dh 60-467 aa
XP_057768943.1
477 aa
N
1
238
477
Histidinol_dh
C
PF00815 Histidinol_dh 60-467 aa
XP_057768944.1
477 aa
N
1
238
477
Histidinol_dh
C
PF00815 Histidinol_dh 60-467 aa
XP_057768945.1
436 aa
N
1
218
436
Histidinol_dh
C
PF00815 Histidinol_dh 19-426 aa
XP_057768946.1
436 aa
N
1
218
436
Histidinol_dh
C
PF00815 Histidinol_dh 19-426 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768942.1 Pfam PF00815 Histidinol_dh Family 60 467 1.6e-155 518.9 Histidinol dehydrogenase
XP_057768943.1 Pfam PF00815 Histidinol_dh Family 60 467 1.6e-155 518.9 Histidinol dehydrogenase
XP_057768944.1 Pfam PF00815 Histidinol_dh Family 60 467 1.6e-155 518.9 Histidinol dehydrogenase
XP_057768945.1 Pfam PF00815 Histidinol_dh Family 19 426 1.1e-155 519.4 Histidinol dehydrogenase
XP_057768946.1 Pfam PF00815 Histidinol_dh Family 19 426 1.1e-155 519.4 Histidinol dehydrogenase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912959.1
GAAATACATAATTAATTGAATTTAAAATTAGAACACTGCCGTTAGAAGGAAAAGAAGGTAGAGATTAGACAGAAGAACACTGGTGTGAGAAGTCGTCCTCATTTCACAGCAGCAGTCGCCGGTCGCCACCTCTGCCGCCTGAAATCTGACGCCCACATCCCGCCACCGCCGTCCCCGGCCAGCCTCCAGGTTTCGTGTTAATGGACTGTAGACTTATTTCTTTCAATCGGAACGGTGGTTTATTTGCTACCACAAAAACT...
XM_057912961.1
ATAATTAATTGAATTTAAAATTAGAACACTGCCGTTAGAAGGAAAAGAAGGTAGAGATTAGACAGAAGAACACTGGTGTGAGAAGTCGTCCTCATTTCACAGCAGCAGTCGCCGGTCGCCACCTCTGCCGCCTGAAATCTGACGCCCACATCCCGCCACCGCCGTCCCCGGCCAGCCTCCAGTTTTATTGAAGGTTTCGTGTTAATGGACTGTAGACTTATTTCTTTCAATCGGAACGGTGGTTTATTTGCTACCACAAA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130988973
ATGGACTGTAGACTTATTTCTTTCAATCGGAACGGTGGTTTATTTGCTACCACAAAAACTAATCCTCAACAGTTATCACCTTATTCTCAGCGAAGGTCATTTCGGTGCGCTACATATTGCTCAATGAAGTCCTACAAGCTTTCAGACCTTTCTAGGACTGAGGTTGATAGCCTGAAAAGTCGTCCTCGAATTGACTTTTCATCCATCTTCAGTGTGGTTCAACCCATTGTTGATGATATCCGGAGTAAAGGTGATGCAGC...
LOC130988973
ATGGACTGTAGACTTATTTCTTTCAATCGGAACGGTGGTTTATTTGCTACCACAAAAACTAATCCTCAACAGTTATCACCTTATTCTCAGCGAAGGTCATTTCGGTGCGCTACATATTGCTCAATGAAGTCCTACAAGCTTTCAGACCTTTCTAGGACTGAGGTTGATAGCCTGAAAAGTCGTCCTCGAATTGACTTTTCATCCATCTTCAGTGTGGTTCAACCCATTGTTGATGATATCCGGAGTAAAGGTGATGCAGC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057768942.1
MDCRLISFNRNGGLFATTKTNPQQLSPYSQRRSFRCATYCSMKSYKLSDLSRTEVDSLKSRPRIDFSSIFSVVQPIVDDIRSKGDAAVKDYTMRFDKVRLDNIVESVNDLPDPELDPAVQEAFDVAYNNIFAFHAAQKPVEKVVENMEGVRCKRVARCISSVGLYVPGGTAVLPSTALMLSIPAQIAGCKTIVLATPPAQDGSICKEVLYCAKKAGVTHILKAGGAQAISAMAWGTESCPKVEKVYGPGNQYVTAAKMIL...
XP_057768943.1
MDCRLISFNRNGGLFATTKTNPQQLSPYSQRRSFRCATYCSMKSYKLSDLSRTEVDSLKSRPRIDFSSIFSVVQPIVDDIRSKGDAAVKDYTMRFDKVRLDNIVESVNDLPDPELDPAVQEAFDVAYNNIFAFHAAQKPVEKVVENMEGVRCKRVARCISSVGLYVPGGTAVLPSTALMLSIPAQIAGCKTIVLATPPAQDGSICKEVLYCAKKAGVTHILKAGGAQAISAMAWGTESCPKVEKVYGPGNQYVTAAKMIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器