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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002090

染色体: Chr06 坐标: 27660404-27661952 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002090
名称SmilChr06G002090
描述uncharacterized SmilChr06G002090
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向27660404 - 27661952 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988984
GeneID130988984
locus_tag-
NCBI NameLOC130988984
原始查询LOC130988984

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836837]; symbol=AT5G67020; hit=AT5G67020; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836837]; symbol=AT5G67020; hit=AT5G67020; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G67020 (AT5G67020)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836837]
identity=66.3; qcov=1.01; evalue=1.43e-179; confidence=high
RiceOs08g0472400
-
identity=53.1; qcov=1.02; evalue=3e-124; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988984

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768956.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057768956.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057768956.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768956.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768956.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:27660583 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B66,B75,B98
Chr6:27660622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B66,B98
Chr6:27660665 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr6:27660775 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr6:27660971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B82,B84,B95
Chr6:27660985 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B135,B82,B84,B95
Chr6:27660987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B66
Chr6:27661003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B135,B82,B84,B95
Chr6:27661012 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B135,B75,B82,B84,B95
Chr6:27661022 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B82,B84,B95
Chr6:27661033 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B82,B84,B95
Chr6:27661033 GC G 1bp_deletion CDS_variant 3 B82,B84,B95

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912973.1
CACTTCACTATCTGCTTCACTCCATCTCTCTCTCTCTCTTCAATTGCACAGACCTCCACCCATTCCCCCGCCGTGACAAAAATTAATACCCGCCGCCAACTCTCATCCATTTCTTTTTCCCACTTAAAATTTGGGGGCTTATAAATTAAAAAAATGGTGGACGTGGACCGGAGGATGGCCGGTCTGAACCCGGCCCATCTTGCCGGACTCCGCCGCCTCTCAGCGCGCGCCTCCTCGTCCGCGCCGTCCACGCCGCTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988984
ATGGTGGACGTGGACCGGAGGATGGCCGGTCTGAACCCGGCCCATCTTGCCGGACTCCGCCGCCTCTCAGCGCGCGCCTCCTCGTCCGCGCCGTCCACGCCGCTCCCGCCGCGCCACAGCCTCTTCTCCTTCCGCTCCCTCGCCGAGAAAGTCATCACCCACCTAAAGAGCTCTGGCATCCCTGTCCAGCCCGGCCTGACCGAGTCGGAGTTCGCCGTCGCCGAAGCCGAGTTCGGATTCGCATTCCCGCCGGACCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768956.1
MVDVDRRMAGLNPAHLAGLRRLSARASSSAPSTPLPPRHSLFSFRSLAEKVITHLKSSGIPVQPGLTESEFAVAEAEFGFAFPPDLKAVLSAGLPVGAGFPDWRSSGSARLHLRASIDLPIASISFHIARNALWSKSWGPRPPAPEKALKIARTALKRAPLLIPIFNRCYIPCNPSLAGNPIFYVDENRIFCCGFDLSDFFDRESTLFHDEITIHRPDAGKSAANFSRRSLDAGTRTPRWVEFWSDAAVDRRRRSSNSSS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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