Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003005`

染色体: Chr01 坐标: 49054033-49059620 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003005`
名称	SmilChr01G003005
描述	uncharacterized SmilChr01G003005
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	49054033 - 49059620 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988999`
GeneID	`130988999`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988999`
原始查询	`LOC130988999`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ubiquitin system component Cue protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833203]; symbol=AT5G32440; hit=AT5G32440; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Ubiquitin system component Cue protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833203]; symbol=AT5G32440; hit=AT5G32440; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G32440` (AT5G32440) Ubiquitin system component Cue protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833203] identity=52.6; qcov=1.03; evalue=1.58e-81; confidence=high
Rice	`Os06g0642900` - identity=50.4; qcov=1.04; evalue=3.01e-80; confidence=high
GO	GO:0043130 (ubiquitin binding)
KEGG	-
Pfam	PF02845 (CUE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988999

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768965.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057768965.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057768965.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057768965.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768965.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:49058875`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B28,B3,B96,C72
`Chr1:49058940`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768965.1

280 aa

140

280

CUE

PF02845 CUE 60-96 aa

XP_057768973.1

276 aa

138

276

CUE

PF02845 CUE 60-96 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768965.1`	Pfam	`PF02845`	CUE	Domain	60	96	3.9e-07	30.3	CUE domain
`XP_057768973.1`	Pfam	`PF02845`	CUE	Domain	60	96	3.8e-07	30.3	CUE domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912990.1
AATAGATTTTATGTAGGCTTCTTAAATGTAAAATTAGAACAAATAAGCCTACCAACTTTTTTTATTTTTAATTTTTAGAAAAACATTTGAGTATAAAAAATATAAACCACGTGTATTTTATGCTGAGGTGGCAGACGCCGTGGCCGTCGGCATCAAATTCACAAGGACCATACCTGTATTGACGTTTGCAAAGAGATAACCGGTCGCAGGCAGCTGCCTACTGCAAGAAATTTTATTTCACCAATTAATTTTCAATTGAA...

XM_057912982.1
AAACCACGTGTATTTTATGCTGAGGTGGCAGACGCCGTGGCCGTCGGCATCAAATTCACAAGGACCATACCTGTATTGACGTTTGCAAAGAGATAACCGGTCGCAGGCAGCTGCCTACTGCAAGAAATTTTATTTCACCAATTAATTTTCAATTGAAAATTATTGATTTGATTGAATAGATCCATCTGATTGATGATGAAACCCTAGAATTGTAAACCTTTCCCCTCTATATTGAATTGAATAGATCCATAGTTTGTTCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130988999
ATGTCTGCCGTTGTGTGCGGAAAGAGATCAAACATCTTCGAGGAATCGCCGTCGTCGCCGCCAGTCTCCAAGAGAATCCGCTATTTGTCTTCGTCTTCCTCGTCTCCAGGCCGAGCTTTCTCTCCGCCGCGGGTTGCCGCCGCTCCCGCTTGCTGGTTCTCCAACTCGTCCGCGCCGCTCGATCATCTTCTCGCTCTTTTTCCTGACATGGACAGACAGTTTCTTGAGAAAGCCCTTGAAGAATCTGGCGATGATTTGGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057768965.1
MSAVVCGKRSNIFEESPSSPPVSKRIRYLSSSSSSPGRAFSPPRVAAAPACWFSNSSAPLDHLLALFPDMDRQFLEKALEESGDDLDSAIKRLNELRLSAAESVSDVTQEINAQFSAQDTCAVGDSESSARREESSGGSSYPASGAEWVELLVGEVINASNVEDAKARVSQALEALEKSICANATEDTARSFQKENLMLKQQLEALIHENTILKRAVSIQHERQKEFEEMGQEMHKLKQLVSQYQEQVRTLEVNNYALAM...

XP_057768973.1
MSAVVCGKRSNIFEESPSSPPVSKRIRYLSSSSSSPGRAFSPPRVAAAPACWFSNSSAPLDHLLALFPDMDRQFLEKALEESGDDLDSAIKRLNELRLSAAESVSDVTQEINAQFSAQVGDSESSARREESSGGSSYPASGAEWVELLVGEVINASNVEDAKARVSQALEALEKSICANATEDTARSFQKENLMLKQQLEALIHENTILKRAVSIQHERQKEFEEMGQEMHKLKQLVSQYQEQVRTLEVNNYALAMHLKQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器