Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002126

染色体: Chr06 坐标: 28574604-28586886 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002126
名称SmilChr06G002126
描述uncharacterized SmilChr06G002126
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向28574604 - 28586886 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989010
GeneID130989010
locus_tag-
NCBI NameLOC130989010
原始查询LOC130989010

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述initiation factor 4A-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829856]; symbol=AT4G37020; hit=AT4G37020; species=arabidopsis; confidence=high
产物initiation factor 4A-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829856]; symbol=AT4G37020; hit=AT4G37020; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G37020 (AT4G37020)
initiation factor 4A-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829856]
identity=55; qcov=0.929; evalue=1.68e-51; confidence=high
RiceOs10g0388900
-
identity=55.8; qcov=0.896; evalue=6.12e-47; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989010

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768974.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057768984.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057768988.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057768980.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768974.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:28579364 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr6:28584964 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr6:28585016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr6:28585078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr6:28585095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr6:28585869 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

42 records

下载 cDNA FASTA
XR_009090394.1
TATTATTCTGTTCGGCCAAGGGCCAACGGTAAGTACTAACGAAGACTCAATATCTATTCTCTCCGACTGTCACTAAATTGGAAGAAATGGATGCCTCTGAATCTCCTCTGTCCACCTCTCCCTCCCAGCCCCCATCTCTCAGCCCACAACGCCATTTCTACCTTGCTGTGGACAGACTCCAATTCAAGATGGAAACGCTTTTGGGGCTTCTAGGCATGGCCGGTAGGCGTCCTTGTCTTCCGATGATTGTATGCTGCAGC...
XR_009090395.1
TATTATTCTGTTCGGCCAAGGGCCAACGGTAAGTACTAACGAAGACTCAATATCTATTCTCTCCGACTGTCACTAAATTGGAAGAAATGGATGCCTCTGAATCTCCTCTGTCCACCTCTCCCTCCCAGCCCCCATCTCTCAGCCCACAACGCCATTTCTACCTTGCTGTGGACAGACTCCAATTCAAGATGGAAACGCTTTTGGGGCTTCTAGGCATGGCCGGTAGGCGTCCTTGTCTTCCGATGATTGTATGCTGCAGC...

CDS

15 records

下载 CDS FASTA
LOC130989010
ATGGATGCCTCTGAATCTCCTCTGTCCACCTCTCCCTCCCAGCCCCCATCTCTCAGCCCACAACGCCATTTCTACCTTGCTGTGGACAGACTCCAATTCAAGATGGAAACGCTTTTGGGGCTTCTAGGCATGGCCGGTAGGCGTCCTTGTCTTCCGATGATTGTATGCTGCAGCACTCGAGACGAGCTCGACGCAGTCTGCTCCAATCTCTCTAGCCTATCGTCTTATGTTTCCGTATCCCCGCTATACAGCGACCTTTC...
LOC130989010
ATGGATGCCTCTGAATCTCCTCTGTCCACCTCTCCCTCCCAGCCCCCATCTCTCAGCCCACAACGCCATTTCTACCTTGCTGTGGACAGACTCCAATTCAAGATGGAAACGCTTTTGGGGCTTCTAGGCATGGCCGGTAGGCGTCCTTGTCTTCCGATGATTGTATGCTGCAGCACTCGAGACGAGCTCGACGCAGTCTGCTCCAATCTCTCTAGCCTATCGTCTTATGTTTCCGTATCCCCGCTATACAGCGACCTTTC...

Protein

15 records

下载 Protein FASTA
XP_057768974.1
MDASESPLSTSPSQPPSLSPQRHFYLAVDRLQFKMETLLGLLGMAGRRPCLPMIVCCSTRDELDAVCSNLSSLSSYVSVSPLYSDLSEVDRAEVLDKFRQATMTWNRLGRGEEAEREADQEQKSHIVVVTDACLPLPGTVEVPLCACMLINYGLPTKKETYMRRMTACLSADGIVISMVVGGEVVVLKNLEENSGLVIAEMPINIFEMI
XP_057768975.1
MDASESPLSTSPSQPPSLSPQRHFYLAVDRLQFKMETLLGLLGMAGRRPCLPMIVCCSTRDELDAVCSNLSSLSSYVSVSPLYSDLSEVDRAEVLDKFRQATMTWNRLGRGEEAEREADQEQKSHIVVVTDACLPLPGTVEVPLCACMLINYGLPTKKETYMRRMTACLSADGIVISMVVGGEVVVLKNLEENSGLVIAEMPINIFEMI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器