Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002166`

染色体: Chr06 坐标: 29804653-29811683 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002166`
名称	SmilChr06G002166
描述	uncharacterized SmilChr06G002166
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	29804653 - 29811683 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989036`
GeneID	`130989036`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989036`
原始查询	`LOC130989036`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ternary complex factor MIP1 leucine-zipper protein (Protein of unknown function, DUF547) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829862]; symbol=AT4G37080; hit=AT4G37080; species=arabidopsis; confidence=high
产物	ternary complex factor MIP1 leucine-zipper protein (Protein of unknown function, DUF547) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829862]; symbol=AT4G37080; hit=AT4G37080; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G37080` (AT4G37080) ternary complex factor MIP1 leucine-zipper protein (Protein of unknown function, DUF547) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829862] identity=50.8; qcov=1.08; evalue=1.32e-178; confidence=high
Rice	`Os09g0463300` - identity=44.9; qcov=1.03; evalue=5.48e-132; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04784 (DUF547); PF14389 (Lzipper-MIP1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989036

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057769008.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057769008.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057769008.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769008.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769008.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:29805193`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B137,B55,C2
`Chr6:29806296`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B27,B57
`Chr6:29806323`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D7
`Chr6:29806323`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr6:29806358`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:29806434`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B27,B57
`Chr6:29806523`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr6:29811526`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B84
`Chr6:29811526`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769008.1

556 aa

278

556

Lzipper-MIP1

DUF547

PF14389 Lzipper-MIP1 40-120 aa PF04784 DUF547 347-476 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769008.1`	Pfam	`PF14389`	Lzipper-MIP1	Family	40	120	2.3e-22	79.9	Leucine-zipper of ternary complex factor MIP1
`XP_057769008.1`	Pfam	`PF04784`	DUF547	Family	347	476	5.2e-39	133.8	Protein of unknown function, DUF547

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913025.1
ATTATTCTTTGCTCTCATTTTAGTGTTTCACTTTCACGTTTCAGCTTTCCCGCTCTCTCTCTCTCTCTACCCCACTCTGTCACTCTCAAAGTAAAACTTCTTTCTCAATGAAGGGTCTATAGCTAGCCTTACATTCTTTAGCACATTTTCTTTTCCTAATCTTAGACCACTCAGCTATTCAGCATATTTATCCATTTTTGAGATACATGACACCTTGCTTCTTTACAGCAGAAAAAAAAGAAATATAGTTTTGTTTCTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989036
ATGAATACAAGAATTAGCAATACTGTTAATTCCAAGAAACCAGCTTCTTTGCGCCAACAGAATGGAAGCAAGTGGCAAACTGCAGAGAAAGCCATGGCGAGTAGACGCCGGTCAGCAAGAGAGAGAAAGTTGGCATTATTACAAGATGTTGAGAATCTTAAGAAGAAGTTGAGACATGAAGAGAATGTGCACAGAGCCTTGCAGAGAGCTTTCAATAGGCCGTTGGGCGCTCTGCCTCGTCTTCCTCCTTATCTCCCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769008.1
MNTRISNTVNSKKPASLRQQNGSKWQTAEKAMASRRRSARERKLALLQDVENLKKKLRHEENVHRALQRAFNRPLGALPRLPPYLPQYTLELLAEVAVLEEEVVRLEEKVVNFRQGLYQEAAHISSRRSWEDSTLDLSMRRSSKQKHSRASSQSEVDSGSSVLCVSRISSSRKFVSLDTASDGLRKLPQNEHNLISDNQADKDSESLSVKKLSPKMQCRVVEQAQESSSRSTDDRGIDVESEVNRMSQDILNCLISIFVR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器