Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003015`

染色体: Chr01 坐标: 49178327-49179646 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003015`
名称	SmilChr01G003015
描述	36.4 kDa proline-rich protein
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	49178327 - 49179646 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989108`
GeneID	`130989108`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989108`
原始查询	`LOC130989108`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	36.4 kDa proline-rich protein
产物	36.4 kDa proline-rich protein
Arabidopsis	`AT2G10940` (AT2G10940) Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815558] identity=60; qcov=1.12; evalue=1.18e-69; confidence=high
Rice	`Os06g0643500` - identity=66.3; qcov=0.345; evalue=1.19e-31; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00234 (Tryp_alpha_amyl); PF14368 (LTP_2); PF14547 (Hydrophob_seed)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989108

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	1.00000	`XP_057769054.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057769054.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769054.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769054.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769054.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:49178910`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr1:49178974`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B18
`Chr1:49178974`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B18
`Chr1:49178998`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18
`Chr1:49179045`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B83,C59,D11
`Chr1:49179156`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B27,B45,B7,C32
`Chr1:49179288`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr1:49179291`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B123,B131,D10
`Chr1:49179306`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B17,B69,B97,C71
`Chr1:49179310`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B93
`Chr1:49179310`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B93
`Chr1:49179393`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B123,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769054.1

249 aa

124

249

LTP_2

Hydrophob_seed

Tryp_alpha_amyl

PF14368 LTP_2 161-247 aa PF14547 Hydrophob_seed 165-248 aa PF00234 Tryp_alpha_amyl 166-247 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769054.1`	Pfam	`PF14368`	LTP_2	Family	161	247	6.3e-06	26.9	Probable lipid transfer
`XP_057769054.1`	Pfam	`PF14547`	Hydrophob_seed	Domain	165	248	2.4e-26	92.6	Hydrophobic seed protein
`XP_057769054.1`	Pfam	`PF00234`	Tryp_alpha_amyl	Domain	166	247	1.1e-10	42.4	Protease inhibitor/seed storage/LTP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913071.1
TGGCAGTTGACAACTAGCATATTTTGGCAGTTGGTTGTGGCTTCACATGCTGTGCCTTTAGGGTTTGTACTCTTCCAACACTTACTGTTGCTATATAACTCACTACTTCTCATTCCCCTCCTCTTCATCTCCACTCAACCATGGATTCCTTCAAGATCTTCGCCCTCTTCCTCCTCATCTCCACCCTCTCCATTTCCTCCGCCGTCGTCCAGCCCGATTGCGGCTCCTGCTCCCAACCTGCCCCCAAAAAGCCCAAACCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989108
ATGGATTCCTTCAAGATCTTCGCCCTCTTCCTCCTCATCTCCACCCTCTCCATTTCCTCCGCCGTCGTCCAGCCCGATTGCGGCTCCTGCTCCCAACCTGCCCCCAAAAAGCCCAAACCCACCGTGCCCGTGCCACCTGTGACAGTACCGAAGCTGCCCGTGCCCTTGCCGCCTGTGACAGTGCCGAAGCTGCCCGTGCCCTTGCCCCCTGTGACGGTGCCGAAGCTGCCCGTGCCCTTGCCGCCTGTGACGGTGCCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769054.1
MDSFKIFALFLLISTLSISSAVVQPDCGSCSQPAPKKPKPTVPVPPVTVPKLPVPLPPVTVPKLPVPLPPVTVPKLPVPLPPVTVPKLPVPLPPVTVPKLPVPLPPVTVPKLPVPLPPVTVPKLPVPLPPVAVPKLPVPLPPVGGTPKGKSGCPPPPAKGGKEETCPIDTLKLGACVDLLGGLVHVVVGDPAVNECCPIISGLAGGEAAACLCTTLKIKALDLNIFVPLALELLVSCGKSPPPGYTCSL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器