当前解析结果
SmilChr06G002339| 统一基因 ID | SmilChr06G002339 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002339 |
| 描述 | MACPF domain-containing protein At4g24290-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 33983004 - 33987633 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989163 |
|---|---|
| GeneID | 130989163 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130989163 |
| 原始查询 | LOC130989163 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | MACPF domain-containing protein At4g24290-like |
| 产物 | MACPF domain-containing protein At4g24290-like |
| 拟南芥 | AT4G24290 (AT4G24290)MAC/Perforin domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828532] identity=67.22; qcov=0.963; evalue=0.0; confidence=high |
| 水稻 | Os07g0166100 (P0039H02.131)- identity=65.21; qcov=0.958; evalue=0.0; confidence=high |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009626 (plant-type hypersensitive response); GO:2000031 (regulation of salicylic acid mediated signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01823 (MACPF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989163 |
预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057769085.1 |
| 2 | 细胞质 | 0.60000 | XP_057769085.1 |
| 3 | 胞外分泌 | 0.20000 | XP_057769085.1 |
| 4 | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057769085.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:33983300 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B139,B19,B32,C4 |
Chr6:33983330 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,C2,C32,C68 |
Chr6:33983399 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C77 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769085.1PF01823
MACPF 29-335 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769085.1 |
Pfam | PF01823 |
MACPF | Domain | 29 | 335 | 9.8e-35 | 121.2 | MAC/Perforin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。