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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002341

染色体: Chr06 坐标: 34061500-34070336 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002341
名称SmilChr06G002341
描述uncharacterized SmilChr06G002341
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向34061500 - 34070336 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989165
GeneID130989165
locus_tag-
NCBI NameLOC130989165
原始查询LOC130989165

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述OSJNBa0004L11.13; symbol=OSJNBa0004L11.13; hit=Os03g0703300; species=rice; confidence=low
产物OSJNBa0004L11.13; symbol=OSJNBa0004L11.13; hit=Os03g0703300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0703300 (OSJNBa0004L11.13)
-
identity=55; qcov=0.312; evalue=5.28e-66; confidence=low
GOGO:0005884 (actin filament); GO:0008093 (cytoskeletal adaptor activity); GO:0051015 (actin filament binding); GO:0051764 (actin crosslink formation)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989165

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057769086.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057769086.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057769086.1
4 Endosome 内体 0.20000 XP_057769086.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769086.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:34067907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr6:34067924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr6:34068415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr6:34068671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr6:34069234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr6:34069379 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B27,B57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913103.1
ACATGATTTATGAAAGGAACAGCAAATACGATAATCTTCACAAAAATTGTAGTAATATTAAAACATAACCATCGCTTTGAATTCTCATTTTGGATGTAAGATTCAATTAATGAACAAGAAAGGGAAATAAAACTACCCACGCGGCCACTGTTGTTACCTCGTAAACGTACGTGGACACAAAATTCAAACCACTTCGCTTCACACTTTCTCCTCTCTTCTTTCCACTTCATCTTTTTTCCTCTTTTAAATCACATCAGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989165
ATGATCGAACCGTCGTCGTCGGCAGAATCGAGCTTCCGAGAGTTGGATGAAGTTTTCCTGCAGACTCAAACACGGATATGGCTGGGAGAGCTTCTAAATTCGAGATTGGATGAGGATTTGCCTCTCCCCGATTTGCTTCAAGATGGAGAAATATTGTTTCAAGTTTCTAGAGTAGTGTGGGAATTTTTGATGACCAAATGTATGGAGGTCAGACATTTGAAACATAAATACGGTCCGTTTGCTTCTAAGAAGAGCAGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769086.1
MIEPSSSAESSFRELDEVFLQTQTRIWLGELLNSRLDEDLPLPDLLQDGEILFQVSRVVWEFLMTKCMEVRHLKHKYGPFASKKSSGRYRPYSNVDSFLKICKILGLNGIDLFSPSDVVEKRNIRKVCICIRALSKKARSKQLSVPDFDMVIYSVTMPTDMVGVIRRSLESPQCTFSSSSSYGSRKGSKTKLKKSNLYAPDIRDDDSSSSDESDEAESRYMGDNSFSSPSNFDNADGVNSDIEDSPEKCYISGQYRTQNF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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