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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002366

染色体: Chr06 坐标: 34471733-34478222 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002366
名称SmilChr06G002366
描述receptor-like protein kinase FERONIA
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向34471733 - 34478222 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989183
GeneID130989183
locus_tag-
NCBI NameLOC130989183
原始查询LOC130989183

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein kinase FERONIA
产物receptor-like protein kinase FERONIA
ArabidopsisAT3G51550 (FER)
Malectin/receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824318]
identity=37.1; qcov=0.678; evalue=1.41e-143; confidence=medium
RiceOs01g0769700 (DRUS2)
-
identity=37; qcov=0.668; evalue=1.94e-135; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989183

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057769107.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769107.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769107.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769107.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769107.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:34472080 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C26
Chr6:34472124 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr6:34472413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr6:34472427 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B16
Chr6:34472787 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B130,B91,C29,C32,C63,C68,D3
Chr6:34472874 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr6:34473048 A ACT 2bp_insertion frameshift_variant 2 B65,C49
Chr6:34473048 A ACT 2bp_insertion CDS_variant 2 B65,C49
Chr6:34473104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:34473125 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 9 A10,B105,B134,B52,B84,C18,C37,C48,C65
Chr6:34473178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B62
Chr6:34473302 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769107.1
1195 aa
N
1
598
1195
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 438-702 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 439-706 aa PF00069 Pkinase 895-1170 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 896-1172 aa
XP_057769108.1
1191 aa
N
1
596
1191
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 434-698 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 435-702 aa PF00069 Pkinase 891-1166 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 892-1168 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769107.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 438 702 2.1e-95 319.8 Protein kinase domain
XP_057769107.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 439 706 8.3e-96 321.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057769107.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 895 1170 2.1e-95 319.8 Protein kinase domain
XP_057769107.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 896 1172 8.3e-96 321.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057769108.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 434 698 2.1e-95 319.8 Protein kinase domain
XP_057769108.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 435 702 8.2e-96 321.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057769108.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 891 1166 2.1e-95 319.8 Protein kinase domain
XP_057769108.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 892 1168 8.2e-96 321.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009090526.1
AAAGGTATGAATGTGAGGCTGAAGTGAGTTTCAAACTCGCTTACGCGTAACACTAGTTGCCGTGCTGCTTCATGAAACCGGAAATGAATAATCTCGTCATTATCTCCGATCATCTTTCTTCCCCATAATGATTTACAGTTCTGAATGAGAATCTCATGCAAATGCAGCGTCTTCTAATTCTCTGCTTCCTCTTCACTTTTACAGCCGCTGCGCATCATCCCGATCACATTTCTATCAACTGCGGCGGAGCTGCAGCTCTC...
XM_057913124.1
CAAAGGTATGAATGTGAGGCTGAAGTGAGTTTCAAACTCGCTTACGCGTAACACTAGTTGCCGTGCTGCTTCATGAAACCGGAAATGAATAATCTCGTCATTATCTCCGATCATCTTTCTTCCCCATAATGATTTACAGTTCTGAATGAGAATCTCATGCAAATGCAGCGTCTTCTAATTCTCTGCTTCCTCTTCACTTTTACAGCCGCTGCGCATCATCCCGATCACATTTCTATCAACTGCGGCGGAGCTGCAGCTCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130989183
ATGATTCTAATTCTCTGCTTCCTCTTCACTTTTACAGCCGCTGCGCATCATCCCGATCACATTTCTATCAACTGCGGCGGAGCTGCAGCTCTCAGTGGCAGAGCCAGGAAATGGGGTGGAGACTCAGATGCTGCACCGAAAGGCTCATCAAAGGCATCCACTGTCACGGGAGAGCTGATCGCAGCCGTCGATCCAGTTCCCTACAGCACTGCACGCATCTCTCGCTCCCAATTTTCCTACTCCTTTCACCTCACTCCAGG...
LOC130989183
ATGCAAATGCAGCGTCTTCTAATTCTCTGCTTCCTCTTCACTTTTACAGCCGCTGCGCATCATCCCGATCACATTTCTATCAACTGCGGCGGAGCTGCAGCTCTCAGTGGCAGAGCCAGGAAATGGGGTGGAGACTCAGATGCTGCACCGAAAGGCTCATCAAAGGCATCCACTGTCACGGGAGAGCTGATCGCAGCCGTCGATCCAGTTCCCTACAGCACTGCACGCATCTCTCGCTCCCAATTTTCCTACTCCTTTCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057769107.1
MQMQRLLILCFLFTFTAAAHHPDHISINCGGAAALSGRARKWGGDSDAAPKGSSKASTVTGELIAAVDPVPYSTARISRSQFSYSFHLTPGQKFIRLHFNPVPYYGFESFHDFFTVEAGPFTLLANFSASITARALSLNILVKEFCLIIQQNQPLNIVFSPETSQSKYNYAFINGIEIISVPPTISYCHGGDSGIHVLGQKSVIYVDNTSALERVYHQNMKWGSVLDDVGGMFGIWASNLKKQAGDLSWRVLVDVGFRYL...
XP_057769108.1
MILILCFLFTFTAAAHHPDHISINCGGAAALSGRARKWGGDSDAAPKGSSKASTVTGELIAAVDPVPYSTARISRSQFSYSFHLTPGQKFIRLHFNPVPYYGFESFHDFFTVEAGPFTLLANFSASITARALSLNILVKEFCLIIQQNQPLNIVFSPETSQSKYNYAFINGIEIISVPPTISYCHGGDSGIHVLGQKSVIYVDNTSALERVYHQNMKWGSVLDDVGGMFGIWASNLKKQAGDLSWRVLVDVGFRYLIRIH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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