Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002369`

染色体: Chr06 坐标: 34515058-34520673 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002369`
名称	SmilChr06G002369
描述	receptor-like protein kinase FERONIA
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	34515058 - 34520673 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989184`
GeneID	`130989184`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989184`
原始查询	`LOC130989184`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	receptor-like protein kinase FERONIA
产物	receptor-like protein kinase FERONIA
Arabidopsis	`AT5G39000` (AT5G39000) Malectin/receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833892] identity=38.2; qcov=0.572; evalue=1.84e-148; confidence=medium
Rice	`Os04g0563900` (OsRLCK157) - identity=64.1; qcov=0.227; evalue=5.59e-143; confidence=weak
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF11721 (Malectin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989184

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057769109.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769109.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769109.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769109.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057769109.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:34515233`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B13
`Chr6:34515233`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B13
`Chr6:34515240`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	13	A11,A16,A9,B102,B35,B46,B53,B64,B66,B94,C26,C33,C58
`Chr6:34515271`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr6:34515284`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,C26
`Chr6:34515381`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr6:34515428`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr6:34515467`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr6:34515497`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:34515941`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B139,B32,C4
`Chr6:34516039`	`A`	`AGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C33
`Chr6:34516039`	`A`	`AGT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769109.1

1433 aa

716

1433

Malectin

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF11721 Malectin 26-157 aa PF00069 Pkinase 441-712 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 444-715 aa PF00069 Pkinase 1155-1425 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 1155-1427 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769109.1`	Pfam	`PF11721`	Malectin	Domain	26	157	5.2e-06	27.3	Malectin domain
`XP_057769109.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	441	712	4.3e-95	318.8	Protein kinase domain
`XP_057769109.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	444	715	3.4e-98	328.8	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057769109.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	1155	1425	4.3e-95	318.8	Protein kinase domain
`XP_057769109.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	1155	1427	3.4e-98	328.8	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913126.1
GCCGCGTGATAAACAGTCAAAACCGTTTACTTGAGAGTTGACCCTCAATTTCAAAATTTCCCAAGTACCAGAGTAATAATCTCATCTGATTCTTCTTCTTCTCATGATAATTTCCAATTTTGAATGAGAATTACATGCAAATTAATGCACCGTTTTTTGATTCTCTGCTTCCTCTTCACTTATACAGCTGCTGATCACATTTCTATCAACTGCGGCGGCGGAGCTGCAGCTGTCAGTGGCAGAAAATGGGGCGGAGACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989184
ATGAGAATTACATGCAAATTAATGCACCGTTTTTTGATTCTCTGCTTCCTCTTCACTTATACAGCTGCTGATCACATTTCTATCAACTGCGGCGGCGGAGCTGCAGCTGTCAGTGGCAGAAAATGGGGCGGAGACTCATACGCTACACCGAAAGGCTCATCAAAGGCATCCACTGTCAAGGGAGAGCTGATCACAGCCGTCGATCCACTTCCCTACAGCACCGCACGCATCTCCCGCTCCCAATTTTCCTACTCCTTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769109.1
MRITCKLMHRFLILCFLFTYTAADHISINCGGGAAAVSGRKWGGDSYATPKGSSKASTVKGELITAVDPLPYSTARISRSQFSYSFHLTPGQKFIRLHFNPVYYHGFESFHDLFSVEAGPFTLLANFSASLTARALSLNILAKEFCIVIQQNQPLNIVFSPETRYNYAFINGIEIISVPSTISYCHGGDSGVHVLGQKTVIYIDNTTALERVYHQNIKWGSVSFVNDIGGMFGVWASLLQENANKASNLSYGVSVDVGFR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器