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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002371

染色体: Chr06 坐标: 34561126-34563766 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002371
名称SmilChr06G002371
描述receptor-like protein kinase FERONIA
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向34561126 - 34563766 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989189
GeneID130989189
locus_tag-
NCBI NameLOC130989189
原始查询LOC130989189

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein kinase FERONIA
产物receptor-like protein kinase FERONIA
ArabidopsisAT5G39000 (AT5G39000)
Malectin/receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833892]
identity=35.6; qcov=1.06; evalue=7.92e-137; confidence=medium
RiceOs05g0318700 (OsCrRLK1L3)
-
identity=36; qcov=1.08; evalue=2.94e-127; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989189

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057769112.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769112.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769112.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769112.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769112.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:34561403 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C81
Chr6:34561911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B82,C20
Chr6:34562011 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B82,C20
Chr6:34562038 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr6:34562090 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 1 C50
Chr6:34562090 A AAG 2bp_insertion CDS_variant 1 C50
Chr6:34562092 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C50
Chr6:34562092 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C50
Chr6:34562095 G GAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 C50
Chr6:34562095 G GAA 2bp_insertion CDS_variant 1 C50
Chr6:34562097 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr6:34562117 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769112.1
767 aa
N
1
384
767
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 415-678 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 418-680 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769112.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 415 678 5.7e-45 154.5 Protein kinase domain
XP_057769112.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 418 680 5.6e-47 160.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913129.1
ATGACACTGCACCTTCTGATCATCATCTGCTTCTTCCTTTTCAGTTTGATCGCCGCCGATCCTAATCACATTTCGATCAACTGCGGCGGAGCTGCACCGGCGACAGCCCTCGGCGGCAGACAATGGCTCGGAGACGCCGCACCAGAAGGCTCATCGAGGGCGTCCACCGCGAAGCCAGAGCTGATCGCAGCCGTCGATCCAGTTCCATACAAGAGCGCGCGCCTCTCCCGCTCCCAATTTTCCTACTCCTTTGACCTCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989189
ATGACACTGCACCTTCTGATCATCATCTGCTTCTTCCTTTTCAGTTTGATCGCCGCCGATCCTAATCACATTTCGATCAACTGCGGCGGAGCTGCACCGGCGACAGCCCTCGGCGGCAGACAATGGCTCGGAGACGCCGCACCAGAAGGCTCATCGAGGGCGTCCACCGCGAAGCCAGAGCTGATCGCAGCCGTCGATCCAGTTCCATACAAGAGCGCGCGCCTCTCCCGCTCCCAATTTTCCTACTCCTTTGACCTCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769112.1
MTLHLLIIICFFLFSLIAADPNHISINCGGAAPATALGGRQWLGDAAPEGSSRASTAKPELIAAVDPVPYKSARLSRSQFSYSFDLSPGQKIIRLHFNPVAYHGFERFNDFFTVEAGPYTLVANFSASITARALAVNTLAKEFCIIIQQRQHLRILFSPETRQSKYSYAFINGIEIISVPSAISYCHGGDRGIHVLGHRYVVHLDNSTALEIVHRQNIKWGSDDGMFGMWASSSSLSYNRMWRVGVDVGFRYLVRLHLCE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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