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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002376

染色体: Chr06 坐标: 34611018-34614759 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002376
名称SmilChr06G002376
描述protein NLP2-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向34611018 - 34614759 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989195
GeneID130989195
locus_tag-
NCBI NameLOC130989195
原始查询LOC130989195

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NLP2-like
产物protein NLP2-like
ArabidopsisAT4G35270 (AT4G35270)
Plant regulator RWP-RK family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829680]
identity=52.9; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0131100 (NLP1)
-
identity=47; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00564 (PB1); PF02042 (RWP-RK); PF22922 (GAF_NLP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989195

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057769117.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769117.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769117.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769117.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057769117.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:34611778 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B32,C17,C27,C63,D3
Chr6:34612096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:34612546 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:34612898 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B137,B55,C2
Chr6:34612982 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B32,B97,C4
Chr6:34613141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,C18,C49
Chr6:34613488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:34613647 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,B82,B84,C20
Chr6:34613758 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:34613905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C17,C27,C63,D3
Chr6:34614016 GGC G 2bp_deletion frameshift_variant 10 B135,B56,B63,B83,B96,C19,C59,C65,C77,D10
Chr6:34614154 C CTA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B90

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769117.1
899 aa
N
1
450
899
GAF_NLP
GAF_NLP
RWP-RK
PB1
C
PF22922 GAF_NLP 141-254 aa PF22922 GAF_NLP 293-466 aa PF02042 RWP-RK 581-660 aa PF00564 PB1 801-882 aa
XP_057769118.1
899 aa
N
1
450
899
GAF_NLP
GAF_NLP
RWP-RK
PB1
C
PF22922 GAF_NLP 141-254 aa PF22922 GAF_NLP 293-466 aa PF02042 RWP-RK 581-660 aa PF00564 PB1 801-882 aa
XP_057769119.1
823 aa
N
1
412
823
GAF_NLP
GAF_NLP
RWP-RK
PB1
C
PF22922 GAF_NLP 65-178 aa PF22922 GAF_NLP 217-390 aa PF02042 RWP-RK 505-584 aa PF00564 PB1 725-806 aa
XP_057769120.1
823 aa
N
1
412
823
GAF_NLP
GAF_NLP
RWP-RK
PB1
C
PF22922 GAF_NLP 65-178 aa PF22922 GAF_NLP 217-390 aa PF02042 RWP-RK 505-584 aa PF00564 PB1 725-806 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769117.1 Pfam PF22922 GAF_NLP Domain 141 254 2.7e-94 314.3 NLP protein GAF domain
XP_057769117.1 Pfam PF22922 GAF_NLP Domain 293 466 2.7e-94 314.3 NLP protein GAF domain
XP_057769117.1 Pfam PF02042 RWP-RK Domain 581 660 6.6e-26 91.0 RWP-RK domain
XP_057769117.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 801 882 2.4e-17 63.4 PB1 domain
XP_057769118.1 Pfam PF22922 GAF_NLP Domain 141 254 2.7e-94 314.3 NLP protein GAF domain
XP_057769118.1 Pfam PF22922 GAF_NLP Domain 293 466 2.7e-94 314.3 NLP protein GAF domain
XP_057769118.1 Pfam PF02042 RWP-RK Domain 581 660 6.6e-26 91.0 RWP-RK domain
XP_057769118.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 801 882 2.4e-17 63.4 PB1 domain
XP_057769119.1 Pfam PF22922 GAF_NLP Domain 65 178 2e-94 314.7 NLP protein GAF domain
XP_057769119.1 Pfam PF22922 GAF_NLP Domain 217 390 2e-94 314.7 NLP protein GAF domain
XP_057769119.1 Pfam PF02042 RWP-RK Domain 505 584 5.7e-26 91.2 RWP-RK domain
XP_057769119.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 725 806 2e-17 63.6 PB1 domain
XP_057769120.1 Pfam PF22922 GAF_NLP Domain 65 178 2e-94 314.7 NLP protein GAF domain
XP_057769120.1 Pfam PF22922 GAF_NLP Domain 217 390 2e-94 314.7 NLP protein GAF domain
XP_057769120.1 Pfam PF02042 RWP-RK Domain 505 584 5.7e-26 91.2 RWP-RK domain
XP_057769120.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 725 806 2e-17 63.6 PB1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913135.1
CAGACATTTTATTTTATGTGAATGGAGGTAATAATCGTAGAGAGAGAGAGAGTCGTAATCGTGGGGTCCAAAGGCGTAGCGTTTGCATAAAAGAGATTCTTCCCCACATTCGGCCGACCTCTCATTGCAATTTGCATTTTGGCGTCATTTTTTGAGCTACAAACAAATTCAAGAAACAGAGTTTTCTGTTAGTTTTTTGGAGGATACTCCAACACACAAACCTATGGTTGTACTGTTAAGTATTAACCCCAAAAAGATTC...
XM_057913134.1
TCGTAGAGAGAGAGAGAGTCGTAATCGTGGGGTCCAAAGGCGTAGCGTTTGCATAAAAGAGATTCTTCCCCACATTCGGCCGACCTCTCATTGCAATTTGCATTTTGGCGTCATTTTTTGAGCTACAAACAAATTCAAGAAACAGAGTTTTCTGTTAGTTTTTTGGAGGATACTCCAACACACAAACCTATGGTTGTACTGTTAAGTATTAACCCCAAAAAGATTCATTAATTCATCATCTTCTCCTGTTGCTCTGCTCT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130989195
ATGGGAGATGATGCTTCCTTCAAACCTAAAACCATGTTGGAAGACAGAGACACCACCACCAATCTTGATTTCTCTACCATGGATGATCTCTTGTATGATGGATTCTGGTTACAGACTAGTGATGAATCCAACTTCTGGCAGCCTGCTGCAACTGATTTGAACCCTTCTTTCTTGTTTCCTTGTTCAGAGACCACACAAAAACCCAACCCACCTTTTACCTTCCCAGGAATGGACGGGAATGGAGCCTCCATCCCTTCGGT...
LOC130989195
ATGGGAGATGATGCTTCCTTCAAACCTAAAACCATGTTGGAAGACAGAGACACCACCACCAATCTTGATTTCTCTACCATGGATGATCTCTTGTATGATGGATTCTGGTTACAGACTAGTGATGAATCCAACTTCTGGCAGCCTGCTGCAACTGATTTGAACCCTTCTTTCTTGTTTCCTTGTTCAGAGACCACACAAAAACCCAACCCACCTTTTACCTTCCCAGGAATGGACGGGAATGGAGCCTCCATCCCTTCGGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057769117.1
MGDDASFKPKTMLEDRDTTTNLDFSTMDDLLYDGFWLQTSDESNFWQPAATDLNPSFLFPCSETTQKPNPPFTFPGMDGNGASIPSVSLGQSTDFLFEETEVSKRVWVAPSRNPTRSVSVRKKLVQAVNHLKDSIRESDVLVQIWVPVKRGGKQVLTTNNQPFSLNPNCKNLAEYRDVSRNYHFAADEDSKESTGLPGRVFLKKLPDWTPDVQYFKREEYPRKNHAQQCDVRGSLALPVFERGSGKCLGVVEIVTTSLKV...
XP_057769118.1
MGDDASFKPKTMLEDRDTTTNLDFSTMDDLLYDGFWLQTSDESNFWQPAATDLNPSFLFPCSETTQKPNPPFTFPGMDGNGASIPSVSLGQSTDFLFEETEVSKRVWVAPSRNPTRSVSVRKKLVQAVNHLKDSIRESDVLVQIWVPVKRGGKQVLTTNNQPFSLNPNCKNLAEYRDVSRNYHFAADEDSKESTGLPGRVFLKKLPDWTPDVQYFKREEYPRKNHAQQCDVRGSLALPVFERGSGKCLGVVEIVTTSLKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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