当前解析结果
SmilChr06G002433| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002433 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002433 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G002433 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 35085314 - 35086734 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130989241 |
|---|---|
| GeneID | 130989241 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989241 |
| 原始查询 | LOC130989241 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Galactosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835854]; symbol=AT5G57500; hit=AT5G57500; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Galactosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835854]; symbol=AT5G57500; hit=AT5G57500; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G57500 (AT5G57500)Galactosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835854] identity=70.7; qcov=1.03; evalue=2.48e-164; confidence=high |
| Rice | Os02g0785000- identity=49; qcov=0.971; evalue=1.66e-98; confidence=high |
| GO | GO:0000139 (Golgi membrane); GO:0006486 (GO:0006486); GO:0016758 (hexosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01762 (Galactosyl_T) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989241 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057769175.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057769175.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769175.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769175.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769175.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:35085742 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,B62 |
Chr6:35085833 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B62 |
Chr6:35085860 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 48 | A25,A6,B101,B115,B118,B120,B124,B136,B138,B22,B29,B3,B35,B41,B45,B56,B62,B67,B69,B73,B75,B78,B80,B83,B89,B91,C1,C10,C24,C27,C30,C40,C41,C43,C45,C46,C7,C70,C74,C75,C81,C84,C85,C87,D2,D3,D4,D9 |
Chr6:35085972 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C4,C72 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769175.1PF01762
Galactosyl_T 78-238 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769175.1 |
Pfam | PF01762 |
Galactosyl_T | Family | 78 | 238 | 1.2e-12 | 48.8 | Galactosyltransferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。