Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002478`

染色体: Chr06 坐标: 35605318-35607542 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002478`
名称	SmilChr06G002478
描述	protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	35605318 - 35607542 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989277`
GeneID	`130989277`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989277`
原始查询	`LOC130989277`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1, chloroplastic
产物	protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT2G20920` (AT2G20920) chaperone (DUF3353) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816626] identity=69.3; qcov=0.853; evalue=1.31e-114; confidence=high
Rice	`Os03g0137300` - identity=66.7; qcov=0.724; evalue=2.95e-104; confidence=high
GO	GO:0031969 (chloroplast membrane)
KEGG	-
Pfam	PF11833 (CPP1-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989277

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057769216.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057769216.1`
3	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.80000	`XP_057769216.1`
4	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.20000	`XP_057769216.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769216.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:35605460`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C62
`Chr6:35605594`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr6:35606904`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769216.1

286 aa

143

286

CPP1-like

PF11833 CPP1-like 81-285 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769216.1`	Pfam	`PF11833`	CPP1-like	Family	81	285	5.4e-60	203.1	Protein CHAPERONE-LIKE PROTEIN OF POR1-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913233.1
CTTCCCTTCCACACTACTCCTTCTCCACAAAGAAAATCTAAAATACGCCTCAACCGTTACTCCATTCCTCTCTCTCTCTATCTACTCTCTCACACACACAACACACACTACCACATGGCCACAGCTCTATCCGTCCGGCCCAGCCGCACCATCTCGGGTTCGGACCGGCCCGGATCGACGTCCTTCCGCCGGACCGGGGTCGTTAACGCGCTCAACCCGGGCCGCCGGCGCCCCTGGAGCGCTCTGTTCGCCCGGCGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989277
ATGGCCACAGCTCTATCCGTCCGGCCCAGCCGCACCATCTCGGGTTCGGACCGGCCCGGATCGACGTCCTTCCGCCGGACCGGGGTCGTTAACGCGCTCAACCCGGGCCGCCGGCGCCCCTGGAGCGCTCTGTTCGCCCGGCGCATGTTAGCATCAGCGCCGCTGCGGGCCTCGCGAGCCGACGACTCCGCGCCGTCGGAGATGTCGGTGGAGAATGCTCTCAAATTGCTCGGAGTGTCCGAAGGTGCGTCGTTCGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769216.1
MATALSVRPSRTISGSDRPGSTSFRRTGVVNALNPGRRRPWSALFARRMLASAPLRASRADDSAPSEMSVENALKLLGVSEGASFDDILRAKNSIVAACKDDQQAISQVEAAYDMLLMQSLSQRRAGKVVSSSIRYADVKPVSAPKMESMPKWLQNSVKSSPVSVEAPSTSELGVQAGVYGALMVLTYVNGASSPSAAPYAGADVPGLILATSFGASLYFMTKKNVKLGKATVITIGGLVAGAVVGSAVESWLQVDIVPF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器