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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002487

染色体: Chr06 坐标: 35754544-35760734 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002487
名称SmilChr06G002487
描述uncharacterized SmilChr06G002487
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向35754544 - 35760734 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989284
GeneID130989284
locus_tag-
NCBI NameLOC130989284
原始查询LOC130989284

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Splicing factor, CC1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816197]; symbol=AT2G16940; hit=AT2G16940; species=arabidopsis; confidence=high
产物Splicing factor, CC1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816197]; symbol=AT2G16940; hit=AT2G16940; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G16940 (AT2G16940)
Splicing factor, CC1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816197]
identity=55.1; qcov=1.08; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0439600
-
identity=65.8; qcov=0.577; evalue=1.89e-141; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006397 (mRNA processing)
KEGG-
PfamPF00076 (RRM_1); PF15519 (RBM39linker)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989284

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057769220.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057769220.1
3 Nuclear speckle 核斑点 0.80000 XP_057769221.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769220.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769220.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:35757028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B65,B76,C18,C48,C49
Chr6:35757436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B65,B76,C18,C48,C49
Chr6:35758329 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B5
Chr6:35758329 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B5
Chr6:35758505 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr6:35760234 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr6:35760281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B17,B27,B57,C20
Chr6:35760310 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 4 B107,B130,C24,C78
Chr6:35760310 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 4 B107,B130,C24,C78
Chr6:35760330 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B107,B130,C24,C78
Chr6:35760330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B130,C24,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769220.1
605 aa
N
1
302
605
RRM_1
RRM_1
RBM39linker
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 242-301 aa PF00076 RRM_1 335-405 aa PF15519 RBM39linker 425-515 aa PF00076 RRM_1 521-573 aa
XP_057769221.1
593 aa
N
1
296
593
RRM_1
RRM_1
RBM39linker
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 242-301 aa PF00076 RRM_1 335-405 aa PF15519 RBM39linker 425-515 aa PF00076 RRM_1 521-573 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769220.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 242 301 1.1e-41 141.3 RNA recognition motif
XP_057769220.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 335 405 1.1e-41 141.3 RNA recognition motif
XP_057769220.1 Pfam PF15519 RBM39linker Domain 425 515 5e-20 72.7 linker between RRM2 and RRM3 domains in RBM39 protein
XP_057769220.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 521 573 1.1e-41 141.3 RNA recognition motif
XP_057769221.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 242 301 1e-41 141.4 RNA recognition motif
XP_057769221.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 335 405 1e-41 141.4 RNA recognition motif
XP_057769221.1 Pfam PF15519 RBM39linker Domain 425 515 4.8e-20 72.8 linker between RRM2 and RRM3 domains in RBM39 protein
XP_057769221.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 521 573 1e-41 141.4 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913237.1
ATAGACCTTTTAATTTATTACATTTATTTATAAAAACAAAAATCGGCTGCAGCGCTCCTCAAACTCACTCCGATTTTTGATTATTGCGCAGTTTTATGCGAGCTTCTTAAATTTAGCTTGTTGAAGGATGGAGTTTGATGAATATGAATACCTAGAAAATACAGTGGAGAATCCAGAAGTTAAGAAATTGGAAGGGAAGGCGAATGGTGATGGGAAAGGTGATTATGAGGAGAAAGATAGGAGTCGGAGCTCGAAGCGCA...
XM_057913238.1
ATAGACCTTTTAATTTATTACATTTATTTATAAAAACAAAAATCGGCTGCAGCGCTCCTCAAACTCACTCCGATTTTTGATTATTGCGCAGTTTTATGCGAGCTTCTTAAATTTAGCTTGTTGAAGGATGGAGTTTGATGAATATGAATACCTAGAAAATACAGTGGAGAATCCAGAAGTTAAGAAATTGGAAGGGAAGGCGAATGGTGATGGGAAAGGTGATTATGAGGAGAAAGATAGGAGTCGGAGCTCGAAGCGCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130989284
ATGGAGTTTGATGAATATGAATACCTAGAAAATACAGTGGAGAATCCAGAAGTTAAGAAATTGGAAGGGAAGGCGAATGGTGATGGGAAAGGTGATTATGAGGAGAAAGATAGGAGTCGGAGCTCGAAGCGCAGAAGCGTTGAGGATGATGGGGATGATTTAGATCACCCGTCAAAGCCGTCGAGGTCGAGGAATGAGTCTTATGACCATGAGAAAGATAGGGGCGCACGCTATGGCTCATCTTCAAGAGATAGGGAGAG...
LOC130989284
ATGGAGTTTGATGAATATGAATACCTAGAAAATACAGTGGAGAATCCAGAAGTTAAGAAATTGGAAGGGAAGGCGAATGGTGATGGGAAAGGTGATTATGAGGAGAAAGATAGGAGTCGGAGCTCGAAGCGCAGAAGCGTTGAGGATGATGGGGATGATTTAGATCACCCGTCAAAGCCGTCGAGGTCGAGGAATGAGTCTTATGACCATGAGAAAGATAGGGGCGCACGCTATGGCTCATCTTCAAGAGATAGGGAGAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057769220.1
MEFDEYEYLENTVENPEVKKLEGKANGDGKGDYEEKDRSRSSKRRSVEDDGDDLDHPSKPSRSRNESYDHEKDRGARYGSSSRDRERGERGERGERGERGDRGERGERDRHTGIREHRTRDKDENSGKERNRDRERDSDKKRNGNRERRERDNERDKIKEEEQERSKRSRNHSERHHEERTREKSKDVENAEPEFKPRERVFRNQDRGDNRRYKDKKEDKVEPEVDPERDQRTVFAYQITLKAGERDIYEFFSRAGKVRD...
XP_057769221.1
MEFDEYEYLENTVENPEVKKLEGKANGDGKGDYEEKDRSRSSKRRSVEDDGDDLDHPSKPSRSRNESYDHEKDRGARYGSSSRDRERGERGERGERGERGDRGERGERDRHTGIREHRTRDKDENSGKERNRDRERDSDKKRNGNRERRERDNERDKIKEEEQERSKRSRNHSERHHEERTREKSKDVENAEPEFKPRERVFRNQDRGDNRRYKDKKEDKVEPEVDPERDQRTVFAYQITLKAGERDIYEFFSRAGKVRD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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