同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002489

染色体: Chr06 坐标: 35770636-35773076 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002489
名称SmilChr06G002489
描述uncharacterized SmilChr06G002489
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向35770636 - 35773076 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989286
GeneID130989286
locus_tag-
NCBI NameLOC130989286
原始查询LOC130989286

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os09g0541500; species=rice; confidence=high
产物hit=Os09g0541500; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT2G20930 (AT2G20930)
SNARE-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816627]
identity=83.45; qcov=0.946; evalue=5.54e-84; confidence=high
RiceOs09g0541500
-
identity=81.75; qcov=0.932; evalue=4.87e-85; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0030008 (TRAPP complex)
KEGG-
PfamPF04099 (Sybindin); PF04628 (Sedlin_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989286

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057769225.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.80000 XP_057769225.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057769225.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.60000 XP_057769225.1
5 Vesicle 囊泡 0.60000 XP_057769225.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:35772842 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C17,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769225.1
147 aa
N
1
74
147
Sedlin_N
Sybindin
C
PF04628 Sedlin_N 11-139 aa PF04099 Sybindin 27-140 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769225.1 Pfam PF04628 Sedlin_N Family 11 139 5.4e-35 121.1 Sedlin
XP_057769225.1 Pfam PF04099 Sybindin Family 27 140 1.4e-06 29.1 Sybindin-like family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913242.1
AAAAGAATAAAGATATTTTTGTGTTTCATATTGCAAAAATATTGAACGGTTATGTGTAATTTATCAAGTTTTCACGATTCATGTGACAAAAAAAAAGGCTCATATACAACAAAAATGAATTAAAAAGATGCATTTTTGCCGAATTTAATTAGTTGGCGAAAGTTATATTGCTTTTTACCATAATTACTTAACTAACTCTACAAGAAGATCTGAGCTCAACCATGAGTGAAGGCACGATCGTCTGTGTCGCCGTCGTCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080392.1_cds_XP_057769225.1_33308
ATGAGTGAAGGCACGATCGTCTGTGTCGCCGTCGTCGGCCACCAGAATAATCCGTTATACATACAGAGTTTTACCAAAGCAGATGATTCGCTCAAGCTTCATCACATCGTGCATTGCTCTCTCGACGTCGTTGATGAAAGAGTGAACAACCCGAAAAAGTCTGGCCCTATAATAAACGAGACATTTCTAGGTTTGCTAAATCCAACCGAAAACTACAAAGTGTATGGCTACTTGACCAACACCAAGGTGAAGTTCATATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769225.1
MSEGTIVCVAVVGHQNNPLYIQSFTKADDSLKLHHIVHCSLDVVDERVNNPKKSGPIINETFLGLLNPTENYKVYGYLTNTKVKFILVTTDLDVRDVDVRVFFGRFHTAYVDAVSNPFHIPGKKITSRKFAERVSTIVQSFGLSSGS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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