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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002495

染色体: Chr06 坐标: 35826865-35828517 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002495
名称SmilChr06G002495
描述uncharacterized SmilChr06G002495
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向35826865 - 35828517 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989292
GeneID130989292
locus_tag-
NCBI NameLOC130989292
原始查询LOC130989292

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989292

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057769234.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057769234.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057769234.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057769234.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769234.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:35826985 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr6:35827018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr6:35827077 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,B32
Chr6:35827084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,B32
Chr6:35827119 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr6:35827131 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B131
Chr6:35827131 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B131
Chr6:35827151 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr6:35827230 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 60 A1,A14,A15,A2,A20,A21,A4,B100,B104,B106,B107,B109,B118,B122,B131,B133,B135,B136,B140,B15,B24,B33,B35,B40,B47,B56,B63,B66,B73,B83,B85,B91,B94,B96,B97,B98,B99,C13,C14,C19,C2,C21,C22,C23,C29,C32,C33,C37,C40,C54,C59,C60,C68,C74,C75,C77,C82,C83,C85,D7
Chr6:35827266 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr6:35827277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B78,C58,C62,C84
Chr6:35827315 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913251.1
CCGTCTCCCATCTCCTTCTCTTGCGTTGTCCTCCTCTGGAACGCTAAATCTTCTGCCGTCTTCTATCGTCGCCCTTTCTCTCGAACCCTAAATCTTCCATCGTGATGAGTGAAAAAGTAGGCTGGGAAGCTTATTTGAGAGATCTATTTTTCCCCGATTCGGAGGATTTTGAACCATTCGATTTGTTGCCTCTGTTGTCCTATTTTCGGTTTGTGATAACAGAAGGAGACATGGTCAAAGCCGAAGAGTCTTTTGGTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989292
ATGAGTGAAAAAGTAGGCTGGGAAGCTTATTTGAGAGATCTATTTTTCCCCGATTCGGAGGATTTTGAACCATTCGATTTGTTGCCTCTGTTGTCCTATTTTCGGTTTGTGATAACAGAAGGAGACATGGTCAAAGCCGAAGAGTCTTTTGGTGATGAGTTGGAGAAGGGGTTCACAACAGGCGATGGAGCCCTCGATAAAGGTCCCTCTTCGATCCATCAATCGATTTACCGCTGCCTATGTGTCGCCGTGAAGAAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769234.1
MSEKVGWEAYLRDLFFPDSEDFEPFDLLPLLSYFRFVITEGDMVKAEESFGDELEKGFTTGDGALDKGPSSIHQSIYRCLCVAVKKPQREINNFLLLCNEKWDDVILSERAEVDVGEWWESCSPALRGMFEILLPQLFQPSTIKQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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