当前解析结果
SmilChr06G002501| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002501 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002501 |
| 描述 | chloroplast protein FOR GROWTH AND FERTILITY 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 35891276 - 35893473 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989299 |
|---|---|
| GeneID | 130989299 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989299 |
| 原始查询 | LOC130989299 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | chloroplast protein FOR GROWTH AND FERTILITY 2-like |
| 产物 | chloroplast protein FOR GROWTH AND FERTILITY 2-like |
| Arabidopsis | AT2G16800 (AT2G16800)high-affinity nickel-transport family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816181] identity=63.4; qcov=0.989; evalue=5.89e-140; confidence=high |
| Rice | Os06g0116400 (ZN)- identity=75.8; qcov=0.686; evalue=1.34e-129; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13386 (DsbD_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989299 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057769244.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057769244.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769244.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769244.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769244.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:35891491 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 9 | B117,B25,B99,C27,C31,C56,C65,C70,C77 |
Chr6:35891601 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A3,B128,B77,C19 |
Chr6:35891684 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr6:35891696 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B11 |
Chr6:35891703 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B11 |
Chr6:35891703 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B11 |
Chr6:35891754 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:35891898 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A3,B128,B77,C19 |
Chr6:35891909 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | A3,B128,B77,C19 |
Chr6:35891909 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A3,B128,B77,C19 |
Chr6:35891940 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B47 |
Chr6:35891955 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769244.1PF13386
DsbD_2 201-357 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769244.1 |
Pfam | PF13386 |
DsbD_2 | Family | 201 | 357 | 1.8e-06 | 28.7 | Cytochrome C biogenesis protein transmembrane region |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。