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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002517

染色体: Chr06 坐标: 36064995-36069261 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002517
名称SmilChr06G002517
描述L-ascorbate peroxidase 3
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向36064995 - 36069261 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989314
GeneID130989314
locus_tag-
NCBI NameLOC130989314
原始查询LOC130989314

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述L-ascorbate peroxidase 3
产物L-ascorbate peroxidase 3
ArabidopsisAT4G35000 (APX3)
ascorbate peroxidase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829652]
identity=80.5; qcov=1; evalue=1.98e-162; confidence=high
RiceOs08g0549100 (OsAPx4)
-
identity=75.9; qcov=1.02; evalue=5.12e-154; confidence=high
GOGO:0000302 (response to reactive oxygen species); GO:0004601 (peroxidase activity); GO:0020037 (heme binding); GO:0034599 (cellular response to oxidative stress); GO:0042744 (hydrogen peroxide catabolic process)
KEGGsmil00053 (Ascorbate and aldarate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00141 (peroxidase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989314

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion intermembrane space Mitochondrion intermembrane space 0.60000 XP_057769258.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057769258.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057769258.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057769258.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769258.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:36067698 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B113,B54,B71,C46
Chr6:36067747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B64,B66,B98
Chr6:36068905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B64,B66,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769258.1
286 aa
N
1
143
286
peroxidase
C
PF00141 peroxidase 19-224 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769258.1 Pfam PF00141 peroxidase Domain 19 224 5.9e-48 164.4 Peroxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913275.1
CAAAAAAACAAGAAAATGGGAAGTTGCGAAGGCTGATCTCACTAATCAACGGGCTCGTTTTTCAAGCCCGCTGTTTTCTCTCTCATATATCACCAATCACAACAACCTAAAAATATATCTAAAGAAAAGTTTAATTAAAAAAAGAGTTAAATCTCAGTCTTCTTTCTCACTTCTCAGCTCATATATATTAACGCCAGTCAACATATTCCAGAAAAATAAAAATAGAAAAAATCTTATCTCATTTCACTCGGAAACCATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989314
ATGGCGAAAGTTATCGTCGACTCCGAATACCTCAAGGATGTCGAGAGAGCTCGCCGCGAGCTTCGCTCTCTCATCTCCGGCAAGAATTGCGCGCCGATCATGCTGCGTTTGGCGTGGCATGATGCGGGGACTTATGATGTGAACACGAAGACCGGAGGTCCGAACGGTTCGATTCGGAATGAGGAGGAGTACGCTCATGGTGCTAACAGTGGACTGAAAATAGCACTTGAATTTTGCGAACAAGTGAAGTCTAAGTGTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769258.1
MAKVIVDSEYLKDVERARRELRSLISGKNCAPIMLRLAWHDAGTYDVNTKTGGPNGSIRNEEEYAHGANSGLKIALEFCEQVKSKCPKITYADLYQLAGVVAVEVTGGPTVSFVPGRKDSKISPKEGRLPDANKGVPHLKEVFYRMGLSDKDIVALSGGHTLGRAHPERSGFDGPWTKEPLKFDNSYFQELLKGETEGLLKLKTDLALLDDPDFRRYVELYAKDEDAFFKDYAESHKKLSELGFTPPGAKTIVKDGTILA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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