当前解析结果
SmilChr06G002524| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002524 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002524 |
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP21-1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 36201530 - 36204668 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989321 |
|---|---|
| GeneID | 130989321 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989321 |
| 原始查询 | LOC130989321 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP21-1-like |
| 产物 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP21-1-like |
| Arabidopsis | AT4G34960 (AT4G34960)Cyclophilin-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829648] identity=73.9; qcov=0.89; evalue=7.98e-110; confidence=high |
| Rice | Os09g0537600 (OsCYP21-1)- identity=76; qcov=0.803; evalue=1.63e-101; confidence=high |
| GO | GO:0000413 (protein peptidyl-prolyl isomerization); GO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity); GO:0006457 (protein folding); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00160 (Pro_isomerase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989321 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057769267.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057769267.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769267.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769267.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769267.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:36202168 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B125,B71,B97,C13,C87 |
Chr6:36202486 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B64,B66,B98 |
Chr6:36204414 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,B12,B32,C73,C86 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769267.1PF00160
Pro_isomerase 52-210 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769267.1 |
Pfam | PF00160 |
Pro_isomerase | Domain | 52 | 210 | 8.2e-49 | 166.6 | Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。