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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002531

染色体: Chr06 坐标: 36316587-36319110 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002531
名称SmilChr06G002531
描述thaumatin-like protein 1b
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向36316587 - 36319110 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989328
GeneID130989328
locus_tag-
NCBI NameLOC130989328
原始查询LOC130989328

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述thaumatin-like protein 1b
产物thaumatin-like protein 1b
ArabidopsisAT4G38670 (AT4G38670)
Pathosis-related thaumatin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830023]
identity=62.8; qcov=0.98; evalue=3.71e-122; confidence=high
RiceOs03g0244200
-
identity=55.1; qcov=0.926; evalue=3.1e-98; confidence=high
GOGO:0005576 (extracellular region); GO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00314 (Thaumatin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989328

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 0.60000 XP_057769272.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057769272.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057769272.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769272.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769272.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:36316805 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B139,B32,C4
Chr6:36317917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr6:36317946 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B83,C59
Chr6:36318035 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr6:36318037 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B81,D7
Chr6:36318038 GAC G 2bp_deletion frameshift_variant 8 A5,B1,B135,B2,B58,B7,B78,C42
Chr6:36318047 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 8 A5,B1,B135,B2,B58,B7,B78,C42
Chr6:36318053 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 8 A5,B1,B135,B2,B58,B7,B78,C42
Chr6:36318055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B81,D7
Chr6:36318093 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr6:36318094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr6:36318113 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B81,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769272.1
299 aa
N
1
150
299
Thaumatin
C
PF00314 Thaumatin 33-256 aa
XP_057769273.1
296 aa
N
1
148
296
Thaumatin
C
PF00314 Thaumatin 33-256 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769272.1 Pfam PF00314 Thaumatin Domain 33 256 1.3e-81 274.0 Thaumatin family
XP_057769273.1 Pfam PF00314 Thaumatin Domain 33 256 1.3e-81 274.0 Thaumatin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913290.1
CTTGGATTTATTTTTTGCAGACCAATAAATCCACTTATGTTAACGATTTTCATGAGTCCATCAATTAAAAAGAAATATCCGAAAACCCTACAGCAAGAAGCCATAACATCAACCTTCCAATAATCCCACTCTCCTTTTCCTTTTCACTTTTTTTTTCCCCCTAATTCCGTCCATTTTCACCAATTCCCCAATGCTGCCTTTATCTTCTCTTACAATCTTTATTCCCAGAAAAATTAAAGCTAGCACAAAACGAAAATGGT...
XM_057913289.1
TATTTTTTGCAGACCAATAAATCCACTTATGTTAACGATTTTCATGAGTCCATCAATTAAAAAGAAATATCCGAAAACCCTACAGCAAGAAGCCATAACATCAACCTTCCAATAATCCCACTCTCCTTTTCCTTTTCACTTTTTTTTTCCCCCTAATTCCGTCCATTTTCACCAATTCCCCAATGCTGCCTTTATCTTCTCTTACAATCTTTATTCCCAGAAAAATTAAAGCTAGCACAAAACGAAAATGGTAACAACTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130989328
ATGGGACGTCCGCTTCTCTCCGCCGCGCTACTCTCTCTCCTCCTGCTCACCTTCTCTCTCTTCTCAGAGGTGGAAACGACGACGTTCAAGCTCGTGAATAGATGCCGGCGTACGATATGGCCGGGGATACTAACGGGCGCCGACCGCCCGGTTCTCAACCCGACCGGGTTCGCTCTCAAGAGCGGGAGCTCCAGAACGCTCCGGGCGCCCCGATCGTGGTCGGGCCGGGTCTGGGCGCGGACCCACTGCGCCACCGACTC...
LOC130989328
ATGGGACGTCCGCTTCTCTCCGCCGCGCTACTCTCTCTCCTCCTGCTCACCTTCTCTCTCTTCTCAGAGGTGGAAACGACGACGTTCAAGCTCGTGAATAGATGCCGGCGTACGATATGGCCGGGGATACTAACGGGCGCCGACCGCCCGGTTCTCAACCCGACCGGGTTCGCTCTCAAGAGCGGGAGCTCCAGAACGCTCCGGGCGCCCCGATCGTGGTCGGGCCGGGTCTGGGCGCGGACCCACTGCGCCACCGACTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057769272.1
MGRPLLSAALLSLLLLTFSLFSEVETTTFKLVNRCRRTIWPGILTGADRPVLNPTGFALKSGSSRTLRAPRSWSGRVWARTHCATDSTGKFSCATADCASGRVECGGAGAIPPATLAEFTLNGDQGLDFYDVSLVDGYNIPMLIIPNPKGGTTTGSSSRCTSTGCLVDLNGACPRGLAVARGSGGREIVACRSACEAFGDPAFCCSEAYNTPETCRPSAYSLYFKSACPRSYSYAYDDKTSTFTCAGADYIIIFCPLPYT...
XP_057769273.1
MGRPLLSAALLSLLLLTFSLFSEVETTTFKLVNRCRRTIWPGILTGADRPVLNPTGFALKSGSSRTLRAPRSWSGRVWARTHCATDSTGKFSCATADCASGRVECGGAGAIPPATLAEFTLNGDQGLDFYDVSLVDGYNIPMLIIPNPKGGTTTGSSSRCTSTGCLVDLNGACPRGLAVARGSGGREIVACRSACEAFGDPAFCCSEAYNTPETCRPSAYSLYFKSACPRSYSYAYDDKTSTFTCAGADYIIIFCPLPYT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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