Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002535`

染色体: Chr06 坐标: 36384149-36387621 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002535`
名称	SmilChr06G002535
描述	uncharacterized SmilChr06G002535
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	36384149 - 36387621 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989331`
GeneID	`130989331`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989331`
原始查询	`LOC130989331`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816642]; symbol=FIO1; hit=AT2G21070; species=arabidopsis; confidence=high
产物	methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816642]; symbol=FIO1; hit=AT2G21070; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G21070` (FIO1) methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816642] identity=55.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0121200` - identity=58.5; qcov=0.94; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0052907 (23S rRNA (adenine(1618)-N(6))-methyltransferase activity); GO:0070475 (rRNA base methylation)
KEGG	-
Pfam	PF05971 (Methyltransf_10)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989331

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057769276.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057769276.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769276.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769276.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057769276.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:36385560`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr6:36385675`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr6:36385701`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B32,C73
`Chr6:36386400`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr6:36386436`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr6:36386626`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:36386748`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,C40
`Chr6:36387119`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	C51,C74
`Chr6:36387119`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	2	C51,C74
`Chr6:36387123`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr6:36387148`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	20	A4,B1,B105,B107,B119,B128,B134,B22,B30,B33,B34,B48,B7,B93,C14,C15,C19,C25,C46,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769276.1

502 aa

251

502

Methyltransf_10

PF05971 Methyltransf_10 21-181 aa PF05971 Methyltransf_10 242-352 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769276.1`	Pfam	`PF05971`	Methyltransf_10	Family	21	181	3.7e-77	260.4	RNA methyltransferase
`XP_057769276.1`	Pfam	`PF05971`	Methyltransf_10	Family	242	352	3.7e-77	260.4	RNA methyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA

XR_009090566.1
AGTTTTAATCATGCTTCCATTAAAAATCGAAATGATGTGAAATCAGATGGTCGTTTGGCGGCGGCGGATGGCGGGAAAGAGGAAGAGGAAGAGCGGCGGCGAGCGGCGAGCGATCCACCACCGAAATAAGTACGCAGATAATCCGCCGGATTTCGCGCTGCTGGCGTCGTTATACCCGAGTTTTGAGCCCTATGTTTTCTACTCGCGCGACGGCCGCCCTAGAATTGATTGGACGGATTTCAATGCTACCCGCGAGTTGA...

XR_009090563.1
ATCATGCTTCCATTAAAAATCGAAATGATGTGAAATCAGATGGTCGTTTGGCGGCGGCGGATGGCGGGAAAGAGGAAGAGGAAGAGCGGCGGCGAGCGGCGAGCGATCCACCACCGAAATAAGTACGCAGATAATCCGCCGGATTTCGCGCTGCTGGCGTCGTTATACCCGAGTTTTGAGCCCTATGTTTTCTACTCGCGCGACGGCCGCCCTAGAATTGATTGGACGGATTTCAATGCTACCCGCGAGTTGACTCGGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989331
ATGGTCGTTTGGCGGCGGCGGATGGCGGGAAAGAGGAAGAGGAAGAGCGGCGGCGAGCGGCGAGCGATCCACCACCGAAATAAGTACGCAGATAATCCGCCGGATTTCGCGCTGCTGGCGTCGTTATACCCGAGTTTTGAGCCCTATGTTTTCTACTCGCGCGACGGCCGCCCTAGAATTGATTGGACGGATTTCAATGCTACCCGCGAGTTGACTCGGGTGTTGTTGCTCCACGATCATGGCGTTAATTGGTGGATTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769276.1
MVVWRRRMAGKRKRKSGGERRAIHHRNKYADNPPDFALLASLYPSFEPYVFYSRDGRPRIDWTDFNATRELTRVLLLHDHGVNWWIPDGQLCPTVPNRLNYIHWIEDLLALDILPATRAESDITKGFDIGTGANCIYPLLGASVLGWKFVGSDITDIAIEWANKNVESNPHLSHLIDIRRAGMGDERSRVGESQNHPICSSEGGGVHLGNPEAENVGSLALSVLETQSNAKDCDGPPVLLVVVKDGENFDFCMCNPPFFE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器