当前解析结果
SmilChr06G002538| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002538 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002538 |
| 描述 | dirigent protein 21-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 36402032 - 36402773 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989335 |
|---|---|
| GeneID | 130989335 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989335 |
| 原始查询 | LOC130989335 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dirigent protein 21-like |
| 产物 | dirigent protein 21-like |
| Arabidopsis | AT1G65870 (AT1G65870)Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842898] identity=54.7; qcov=0.763; evalue=3.3e-52; confidence=high |
| Rice | Os11g0180000- identity=47; qcov=0.845; evalue=1.35e-46; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03018 (Dirigent) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989335 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057769280.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057769280.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769280.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769280.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769280.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:36402182 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B13,C49,D11 |
Chr6:36402190 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr6:36402207 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr6:36402221 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C77 |
Chr6:36402277 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr6:36402333 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C13 |
Chr6:36402333 |
A |
AT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C13 |
Chr6:36402413 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B131,B83,C59,D11 |
Chr6:36402437 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C45,C5,C52 |
Chr6:36402515 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr6:36402525 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C14 |
Chr6:36402713 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C45,C52 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769280.1PF03018
Dirigent 47-189 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769280.1 |
Pfam | PF03018 |
Dirigent | Family | 47 | 189 | 1.1e-52 | 178.5 | Dirigent-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。