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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002705

染色体: Chr06 坐标: 39058292-39063063 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002705
名称SmilChr06G002705
描述potassium transporter 8-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向39058292 - 39063063 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989378
GeneID130989378
locus_tag-
NCBI NameLOC130989378
原始查询LOC130989378

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述potassium transporter 8-like
产物potassium transporter 8-like
ArabidopsisAT5G14880 (AT5G14880)
Potassium transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831340]
identity=75.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0625900 (HAK10)
-
identity=68.3; qcov=1.06; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015079 (potassium ion transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0071805 (potassium ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF02705 (K_trans); PF22776 (K_trans_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989378

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057769324.1
2 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057769324.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057769324.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769324.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769324.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:39059381 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C35
Chr6:39059586 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr6:39061124 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C26
Chr6:39061124 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 C26
Chr6:39062044 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr6:39062222 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C86
Chr6:39062222 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr6:39062532 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,A23,C82,D7
Chr6:39062668 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B110,B86,D6
Chr6:39062756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr6:39062778 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B39
Chr6:39062778 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769324.1
789 aa
N
1
394
789
K_trans
K_trans_C
C
PF02705 K_trans 30-510 aa PF22776 K_trans_C 541-788 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769324.1 Pfam PF02705 K_trans Domain 30 510 1.9e-165 551.5 K+ potassium transporter integral membrane domain
XP_057769324.1 Pfam PF22776 K_trans_C Domain 541 788 4.5e-24 85.7 K+ potassium transporter C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913341.1
AATGGCAGTTCACTCAAATAATTTATTTATTTTTTTCTAAAAAAAAAAAAAACAAAGAACTGCAGTTCCCTACTGAGTCAGTCACCGAGTTCATTTTTCATGCCACGTTACTTTCATAGTTCAAATCAAAATTCCATAACCATACCTGAATTTTTTTTGTATTTTCACATTATTATTTAACATCATGAATATACATGTAAGTTTATTTCATAGTGGCATGGCCATGCCCACCCATTATCAAGCAACCCCACAAACACACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989378
ATGATTTTGAGAAGGCCAGTGATGGATATTGAAGGCTGGAGCCCTGATAATAATCCCATAAAGAGAGAATCATGGAGGACTGTTTTGACATTGGCGTATCAGAGCTTGGGTGTTGTCTATGGCGATTTGAGCACTTCGCCTCTGTATGTATACAAGAGCACTTTTGCAGAGGACATTCAGCACTCAGAGACTAATGAGGAGATATATGGGGTTTTGTCATTTGTGTTTTGGACTTTAACTCTGATCCCACTTGTTAAATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769324.1
MILRRPVMDIEGWSPDNNPIKRESWRTVLTLAYQSLGVVYGDLSTSPLYVYKSTFAEDIQHSETNEEIYGVLSFVFWTLTLIPLVKYVFIVLRADDNGEGGTFALYSLLCRHARVSTLPNGQLADEDLYEYKKDGIASGSFRGLGLRLRSTLEKHRVLQRMLLILALFGTCMVIGDGVLTPAISVFSAVSGLELVVSKHHHQYIEVPVACVILVFLFYLQHYGTHRIGFLFAPIVIAWLFCISAIGVYNIIHWNPHVYKA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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