当前解析结果
SmilChr06G002698| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002698 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002698 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 90A1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 38925988 - 38927542 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989396 |
|---|---|
| GeneID | 130989396 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989396 |
| 原始查询 | LOC130989396 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 90A1-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 90A1-like |
| Arabidopsis | AT2G16890 (AT2G16890)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816190] identity=48.9; qcov=0.988; evalue=3.53e-160; confidence=high |
| Rice | Os09g0330000- identity=38.9; qcov=0.992; evalue=4.75e-118; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989396 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057769360.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057769360.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769360.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769360.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769360.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:38926549 |
C |
CCA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 9 | A19,B1,B110,B114,B13,B16,B65,B86,D6 |
Chr6:38926551 |
GTA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 9 | A19,B1,B110,B114,B13,B16,B65,B86,D6 |
Chr6:38926786 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B13,B43,B74 |
Chr6:38926821 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C80 |
Chr6:38926832 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B50 |
Chr6:38926916 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B21,D1 |
Chr6:38927022 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B30,B98 |
Chr6:38927096 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C17 |
Chr6:38927223 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B1,B114,B13,B16 |
Chr6:38927228 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C81 |
Chr6:38927307 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A19,B2,C82 |
Chr6:38927362 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,B74 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769360.1PF00201
UDPGT 278-427 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769360.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 278 | 427 | 9.9e-20 | 71.5 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。