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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002702

染色体: Chr06 坐标: 38980794-38982692 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002702
名称SmilChr06G002702
描述UDP-glycosyltransferase 90A1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向38980794 - 38982692 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989398
GeneID130989398
locus_tag-
NCBI NameLOC130989398
原始查询LOC130989398

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 90A1-like
产物UDP-glycosyltransferase 90A1-like
ArabidopsisAT2G16890 (AT2G16890)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816190]
identity=49.7; qcov=0.996; evalue=1e-161; confidence=high
RiceOs09g0330000
-
identity=38.5; qcov=0.99; evalue=1.05e-117; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989398

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057769362.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057769362.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769362.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769362.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769362.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:38981208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B1,B118
Chr6:38981248 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr6:38981274 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B12
Chr6:38981289 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C51,C74,D11
Chr6:38981415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C37,C73,C86,C87,D5
Chr6:38981431 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 7 A10,B31,B66,B78,B98,C23,C79
Chr6:38981488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr6:38981875 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr6:38981994 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B137,B55,C2
Chr6:38982001 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B140
Chr6:38982001 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 B140
Chr6:38982021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B121,B45,C55,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769362.1
481 aa
N
1
240
481
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 279-426 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769362.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 279 426 3.7e-20 73.0 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913379.1
TTATAATAACATACTAGAAAATAATTAAATAAGAACATACCCATTTTTGGCACAAGAACCGGGTAGCAATATTGCTACCTCAATTTTTTGCTACCCCATTTTTTAAAACCTCCACTATGGCACTACCTCCAAAAAAGCCCACCATAGTGGTTAGTGGATGCTTAAGAGAAAATATTGCGTAGTGCATGAATCAATTATGTTGTCTGGAAATATTCAGCCCCCGACTCGAATGCCTAGATTATGGGTTGGGATCCTCAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989398
ATGGATCCTCTTTCTTCTTCCTCTTCCAGCTATAAGCCTCACATAGCTGTGTTTCCTTTCATGTCAAAGGGCCACACCATTCCTCTCCTCCACCTAGCACAGCTCCTCCTCGACCGCGGCCTTGCCACCGTAACCATCTTCACCACCCCTGCAAACCATCCATTCATATCTCAATCTCTCGCCGGAGCTCATGTTTCCATTGTCGACCTGCCATTCCCTCACAACATCCAAGGTGTCCCACCGGGAGCCGAGAGCACAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769362.1
MDPLSSSSSSYKPHIAVFPFMSKGHTIPLLHLAQLLLDRGLATVTIFTTPANHPFISQSLAGAHVSIVDLPFPHNIQGVPPGAESTDRLPSMALFIPFVRGLELMQPAFEQELEKIHSKVTCIISDGFLSWTLESASRFGIPRLSYYGMSYYSMAVSRDAAFSGLMSSPETDDEPFTVKSFPWIQLTRNDFDEPFSRRDPSGPHLDFIFKAATATENSYGLLANSFYELEQLFADYCNHNCRVGTWSIGPLCLAKLQKNK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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