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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002678`

染色体: Chr06 坐标: 38694698-38697743 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002678`
名称	SmilChr06G002678
描述	peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP38, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	38694698 - 38697743 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989403`
GeneID	`130989403`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989403`
原始查询	`LOC130989403`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP38, chloroplastic
产物	peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP38%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT3G01480` (CYP38) cyclophilin 38 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821137] identity=77.2; qcov=0.913; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0382400` (OsCYP38) - identity=80.6; qcov=0.864; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000413 (protein peptidyl-prolyl isomerization); GO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00160 (Pro_isomerase); PF21329 (CYP38_PsbQ-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989403

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057769369.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057769369.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	1.00000	`XP_057769369.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769369.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769369.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:38695018`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr6:38695070`	`T`	`TCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	93	A1,A13,A15,A21,A24,A5,A6,B100,B101,B106,B107,B111,B112,B12,B123,B124,B127,B128,B134,B138,B18,B2,B21,B22,B25,B26,B27,B31,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B47,B51,B55,B56,B57,B59,B61,B62,B65,B7,B73,B75,B8,B85,B89,B90,B91,B92,B93,B95,B98,C11,C12,C16,C21,C23,C25,C26,C28,C29,C30,C34,C36,C37,C38,C39,C40,C45,C5,C50,C56,C62,C64,C65,C66,C69,C70,C71,C74,C75,C8,C81,C82,D4,D6,D8
`Chr6:38695121`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	111	A1,A13,A15,A16,A21,A24,A5,A6,B101,B106,B107,B111,B112,B12,B121,B123,B124,B127,B128,B134,B136,B138,B18,B19,B2,B21,B22,B25,B26,B27,B29,B30,B31,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B47,B51,B55,B56,B57,B59,B61,B62,B65,B7,B71,B73,B75,B78,B8,B80,B85,B86,B89,B90,B91,B92,B93,B95,B98,C10,C11,C12,C16,C17,C21,C23,C25,C26,C28,C29,C3,C30,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C40,C45,C5,C50,C54,C56,C59,C6,C62,C64,C65,C66,C69,C7,C70,C71,C74,C75,C8,C81,C82,D11,D4,D6,D8
`Chr6:38695128`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,A23,C82
`Chr6:38695142`	`CGT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	115	A1,A13,A15,A16,A21,A24,A5,A6,B101,B106,B107,B111,B112,B118,B12,B121,B123,B124,B127,B128,B134,B136,B138,B18,B19,B2,B21,B22,B25,B26,B27,B29,B30,B31,B36,B37,B4,B41,B42,B43,B44,B47,B5,B51,B55,B56,B57,B59,B60,B61,B62,B65,B7,B71,B73,B75,B78,B8,B80,B85,B86,B88,B89,B90,B91,B92,B93,B95,B98,C10,C11,C12,C16,C17,C21,C23,C25,C26,C28,C29,C3,C30,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C40,C45,C5,C50,C54,C56,C59,C6,C62,C64,C65,C66,C69,C7,C70,C71,C74,C75,C8,C81,C82,C84,C85,D11,D4,D6,D8
`Chr6:38695230`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B138,D6
`Chr6:38695230`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B138,D6
`Chr6:38695892`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr6:38696046`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,C55
`Chr6:38696697`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr6:38697186`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769369.1

447 aa

224

447

CYP38_PsbQ-like

Pro_isomerase

PF21329 CYP38_PsbQ-like 112-228 aa PF00160 Pro_isomerase 268-427 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769369.1`	Pfam	`PF21329`	CYP38_PsbQ-like	Domain	112	228	3.1e-43	147.7	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP38-like, PsbQ-like domain
`XP_057769369.1`	Pfam	`PF00160`	Pro_isomerase	Domain	268	427	7.3e-23	82.3	Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913386.1
TTGACTCCAAGTCTCCAACCTTCTACACTTCCTCACCTACTCTCTCTCTCTGTGGATCGCATTCTCTCTCTCCTTTTCCAGATTTTTCTTCCGCCACATAACCTTATCCTCTCCCTCCCAATCAATATCCCTTTCCCAGTTTCATTTGTCGCGTGAAAATACACCAATGTTGCTATCGCTGTGCTGAAACTTTTGCGAGTTTTCCATCAATGGCGGCTATTATTTCGTGCCACGCCCATTCCTTCTCACGTTCGAAGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989403
ATGGCGGCTATTATTTCGTGCCACGCCCATTCCTTCTCACGTTCGAAGGCAACTAACAATTTTGCCAGCTCTAATTCTCGGTCTAATTGCATCAAATCGCCTTCTCCTACTCAGTTTAAACCTCTGTGCTCGCAAAAATCAAATGAATTCGAATCAATCTCTCAACAGAGGGATTGGTTTCCATCGATAAAAAAGAGCGCGATTTCGATTGCGCTGGCAGTAGGTTTGTTGGGAGGGTTTAGCGATTTGGGAATCTTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769369.1
MAAIISCHAHSFSRSKATNNFASSNSRSNCIKSPSPTQFKPLCSQKSNEFESISQQRDWFPSIKKSAISIALAVGLLGGFSDLGILESANAAAIAPALPDVSVLISGPPIKDPGALLRYALPIDNKAIREVQKPLEDITESLKIAGVKALDSVERNVRQASRALKQGRTMIVKGLAKSKVDDGIALLNKLEAGLDDMMKIAENRNRDAVLPKQKELLNYVGGVEEDMVDGFPYEVPEEYKNMPLLKGRATVDMKVKVKDN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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