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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002713

染色体: Chr06 坐标: 39202686-39208919 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002713
名称SmilChr06G002713
描述WAT1-related protein At3g28050-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向39202686 - 39208919 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989413
GeneID130989413
locus_tag-
NCBI NameLOC130989413
原始查询LOC130989413

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述WAT1-related protein At3g28050-like
产物WAT1-related protein At3g28050-like
ArabidopsisAT3G28050 (UMAMIT41)
nodulin MtN21 /EamA-like transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822429]
identity=58.4; qcov=0.995; evalue=1.43e-139; confidence=high
RiceOs05g0493800
-
identity=35; qcov=0.895; evalue=7.96e-58; confidence=medium
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity)
KEGG-
PfamPF00892 (EamA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989413

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057769395.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057769395.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057769395.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769395.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769395.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:39204187 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C51,C74
Chr6:39204429 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr6:39205061 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr6:39208594 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769395.1
370 aa
N
1
185
370
EamA
C
PF00892 EamA 41-158 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769395.1 Pfam PF00892 EamA Domain 41 158 1.5e-14 55.2 EamA-like transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913412.1
TTCGAAGTCCCCAAACGTGGGGCCCGCCAACCGAGAAAGCACAGCATACAAACTCCTCCACACTCCACTTCCCTATTTTATTACAACACCCCCCAAAAAAACCAAACATTTCGTGTGGCATCAACACGCAGCTGCCTGCGCCCAAAATCATGGCGGGACGCGGCGACCGGAGCTACTGCTATCGAGAGGCGCTTCCCTTCGCCGCCATGGTGTCGATGGAGTGCCTCAACGTCGGCCTCAACACGCTCTTCAAGTTCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989413
ATGGCGGGACGCGGCGACCGGAGCTACTGCTATCGAGAGGCGCTTCCCTTCGCCGCCATGGTGTCGATGGAGTGCCTCAACGTCGGCCTCAACACGCTCTTCAAGTTCGCCGCCGACCGCGGCATGAGCCGCCACGTCTTCCTCGTCTACGCCTACGCCGTCGCCGCCCTCCTCCTCCTCCCCTCCCTCTTCTTCTCCCGCCGCCGATCGCGAGTTCTCCCGTCGTTGAATTTCTCTATAGTGGTGAAGATTTTCGTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769395.1
MAGRGDRSYCYREALPFAAMVSMECLNVGLNTLFKFAADRGMSRHVFLVYAYAVAALLLLPSLFFSRRRSRVLPSLNFSIVVKIFVLGAVGYASQIMGYTGINYGSPTLASAMSNLAPAFTFVLAVIFRMEKLSLSSSTTRAKLAGTVISISGAFVVTFYKGPSINPSFSFSSSSSPPSMNQLLDSTRSDWIIGSLFLSVEYMLVPVWYILVTHIMKEYPSEFTIIFFYTSSVSILAAVAGVFAEPDSSKWMIRPNIALA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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