Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002712`

染色体: Chr06 坐标: 39196364-39200993 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002712`
名称	SmilChr06G002712
描述	WAT1-related protein At3g28050-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	39196364 - 39200993 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989416`
GeneID	`130989416`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989416`
原始查询	`LOC130989416`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	WAT1-related protein At3g28050-like
产物	WAT1-related protein At3g28050-like
Arabidopsis	`AT3G28050` (UMAMIT41) nodulin MtN21 /EamA-like transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822429] identity=55.8; qcov=0.941; evalue=7.46e-106; confidence=high
Rice	`Os02g0114100` - identity=30.7; qcov=0.919; evalue=8.22e-43; confidence=low
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity)
KEGG	-
Pfam	PF00892 (EamA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989416

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057769398.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057769399.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.20000	`XP_057769398.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769398.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769398.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:39196451`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	83	A11,A13,A18,A22,A3,A7,A8,A9,B100,B108,B109,B11,B111,B112,B114,B115,B117,B121,B122,B123,B124,B129,B132,B134,B138,B18,B19,B20,B21,B23,B25,B31,B35,B48,B5,B54,B55,B58,B59,B6,B65,B73,B76,B77,B85,B88,B89,B9,B93,B95,C1,C11,C12,C18,C2,C25,C27,C3,C30,C31,C34,C40,C41,C49,C5,C50,C51,C55,C56,C57,C58,C62,C63,C65,C67,C69,C70,C71,C72,C80,C84,C9,D3
`Chr6:39196836`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	14	A1,A2,A3,B10,B34,B48,B69,B7,B84,B90,C2,C32,C53,C68
`Chr6:39196905`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	11	B11,B114,B134,B138,B89,C11,C25,C3,C30,C50,C9
`Chr6:39197706`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B33,B34,B83,C59
`Chr6:39197728`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr6:39197730`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,B104,C45,D11
`Chr6:39197740`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B62
`Chr6:39197748`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B74
`Chr6:39197748`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr6:39197751`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B23,B24,B81
`Chr6:39197767`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr6:39197769`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769398.1

353 aa

176

353

EamA

PF00892 EamA 26-158 aa

XP_057769399.1

322 aa

161

322

EamA

PF00892 EamA 26-158 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769398.1`	Pfam	`PF00892`	EamA	Domain	26	158	1.1e-13	52.4	EamA-like transporter family
`XP_057769399.1`	Pfam	`PF00892`	EamA	Domain	26	158	1.4e-11	45.6	EamA-like transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913416.1
AAGAATGCGTGGCTCATGGCACACATGTAGACTCCACACTCGCTACATTATTAATCAGAAAAATAATTAATATAACCAAACCAAAACATTTAATTTTCCCCAATTAAACATGGCGACGGCGGCGAGCCACCGTGATTACTGCTACAGAGAAGTGGTGCCGTTCGCCGCCATGGTGAGCCTGCAATGCATCAACGTCGGTCTGAACACGCTCTTCAAGGTCGCCGCCAACGCCGGCATGAGCCGCCACGCCTTCCTCGTCT...

XM_057913415.1
TACACTTAATAATACAAAAAGAATGCGTGGCTCATGGCACACATGTAGACTCCACACTCGCTACATTATTAATCAGAAAAATAATTAATATAACCAAACCAAAACATTTAATTTTCCCCAATTAAACATGGCGACGGCGGCGAGCCACCGTGATTACTGCTACAGAGAAGTGGTGCCGTTCGCCGCCATGGTGAGCCTGCAATGCATCAACGTCGGTCTGAACACGCTCTTCAAGGTCGCCGCCAACGCCGGCATGAGCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130989416
ATGGCGACGGCGGCGAGCCACCGTGATTACTGCTACAGAGAAGTGGTGCCGTTCGCCGCCATGGTGAGCCTGCAATGCATCAACGTCGGTCTGAACACGCTCTTCAAGGTCGCCGCCAACGCCGGCATGAGCCGCCACGCCTTCCTCGTCTACGCCTACGCCGTCGCCGCCTTGATCCTCCTCCCCGCCCCTTTCTTCTCCCGCCGATCAGGAGCCCTCCCGTCGTTGAATTCGTCGATTCTGGTCAAGTTTTTTCTGCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057769398.1
MATAASHRDYCYREVVPFAAMVSLQCINVGLNTLFKVAANAGMSRHAFLVYAYAVAALILLPAPFFSRRSGALPSLNSSILVKFFLLGVVGYGSQLMGFTGINYGSPTLASAISNLSPAFTFLLAIIFRMEKLTLSSSRSWAKVVGAVVSISGAFVVTFYKGSSIINAPLSSPLSLIPSSTRLDWILGSLFLTLEYILSPIWCIFLTHIMKEYPSGLSIMFFYTSSVSVLAAVVGFFLEPDSTKWIIKPNIALVSIICSG...

XP_057769399.1
MATAASHRDYCYREVVPFAAMVSLQCINVGLNTLFKVAANAGMSRHAFLVYAYAVAALILLPAPFFSRRSGALPSLNSSILVKFFLLGVVGYGSQLMGFTGINYGSPTLASAISNLSPAFTFLLAIIFRMEKLTLSSSRSWAKVVGAVVSISGAFVVTFYKGSSIINAPLSSPLSLIPSSTRLDWILGSLFLTLEYILSPIWCIFLTHIMKEYPSGLSIMFFYTSSVSVLAAVVGFFLEPDSTKWIIKPNIALVSIICSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器