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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002622

染色体: Chr06 坐标: 37742651-37746813 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002622
名称SmilChr06G002622
描述peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP18, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向37742651 - 37746813 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989436
GeneID130989436
locus_tag-
NCBI NameLOC130989436
原始查询LOC130989436

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP18, chloroplastic-like
产物peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP18%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT1G20810 (AT1G20810)
FKBP-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838672]
identity=73.9; qcov=0.855; evalue=2.04e-89; confidence=high
RiceOs02g0117600 (OsFKBP18)
-
identity=74.2; qcov=0.809; evalue=6.08e-93; confidence=high
GOGO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity); GO:0009543 (chloroplast thylakoid lumen)
KEGG-
PfamPF00254 (FKBP_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989436

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057769424.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057769424.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.20000 XP_057769424.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769424.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769424.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:37745039 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C23
Chr6:37745706 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B35,D1
Chr6:37745901 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B35
Chr6:37746072 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,B81
Chr6:37746516 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769424.1
220 aa
N
1
110
220
FKBP_C
C
PF00254 FKBP_C 94-212 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769424.1 Pfam PF00254 FKBP_C Domain 94 212 1.1e-11 45.7 FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913441.1
AAATTCTTGAAGAGCTAAGTATTATTTGTTTATACTTTTCATTTTTGTGTAATTTACCCTATCTATTTCAATCTCATTCTATCCTCCCCAATTCATAAGCCAGCAACTGACTTCTCCATCTTCCAAATTTCGAACTGGTAATTATAGTTGGAGGCGCGTGGAGGATCAAATGGGTGCATCAAGTCACCTTTTTAAAAATTATTATGTGTAGTTATACCTAATATATTATCTAATATTATTTTTAAAAAATATTTAAATTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989436
ATGGCTTCTTCAAGAACCCTCCAAAAATTTATTCCCAAAATCCCCCAATTATTTTCAGAACCCACAATTTACGTATACCAAAATGCTGCTGTTCCGCCATTGCCAGTTTCAAGAAGGTGTGCAATTCTCATCTCTGTTCTACCATTCTGCATCGTTGCTCTTCCTCAGACATTACTAGCTAGAGAGAGACGCAGTAGGAAGACCATCCCTATTGAAGACTATATCGTTACTCCTGATGGGCTTAAGTACTATGATATTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769424.1
MASSRTLQKFIPKIPQLFSEPTIYVYQNAAVPPLPVSRRCAILISVLPFCIVALPQTLLARERRSRKTIPIEDYIVTPDGLKYYDIVEGKGPVAEKGSTVQVHFDCLYRGITAVSSRESKLLAGNRSIAQPYVFQVGAVPGKERKREFVDSPNGLFSAQAAPKPPKAMYVVTEGMRVGGKRTVIVPPDAGYGPKGMNEIPPGAEFELNIELLEVVPPEGK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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