Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；身份待核实的名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002727`

染色体: Chr06 坐标: 39373916-39376873 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 ID	`SmilChr06G002727`
名称	SmilChr06G002727
描述	ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	39373916 - 39376873 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989447`
GeneID	`130989447`
locus_tag	`-`
NCBI 名称	`LOC130989447`
原始查询	`LOC130989447`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
产物	ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain%2C chloroplastic
拟南芥	`AT2G04700` (AT2G04700) ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta chain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815013] identity=75.17; qcov=0.98; evalue=2.91e-79; confidence=high
水稻	`Os09g0249900` - identity=67.36; qcov=0.932; evalue=2.5e-68; confidence=high
GO	GO:0016730 (oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors)
KEGG	-
Pfam	PF02943 (FeThRed_B)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989447

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序	定位位置	预测得分	蛋白 ID
1	叶绿体	1.00000	`XP_057769442.1`
2	叶绿体基质	0.80000	`XP_057769442.1`
3	叶绿体类囊体	0.80000	`XP_057769442.1`
4	叶绿体类囊体膜	0.20000	`XP_057769442.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	参考等位基因	变异等位基因	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:39374021`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr6:39376434`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr6:39376602`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769442.1

148 aa

148

FeThRed_B

PF02943 FeThRed_B 38-143 aa

蛋白 ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	得分	说明
`XP_057769442.1`	Pfam	`PF02943`	FeThRed_B	Domain	38	143	2.7e-45	153.6	Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta chain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913459.1
CGGGCCGACTAAGCCCGGCCCAAAATATTTACGTGGCGAATTTGGAGTTGGACAGCTTCTGTTGATATATTATTGGCAATGACTAATGAGTGGTGCTTCCGCTTCCAAAAAGACGGCATTTTATAAAATCGATTTTCATTCATTTTCTTTTAGATAGAAAAGAAAAAATCTCATCTGTTTTATATAAGAGTGGTGGTTAGAGAAGTACAAAATCAGATCCAAATTGTCCGCCATGAGAGCTCTTCAAGCTTCCACTTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080392.1_cds_XP_057769442.1_33560
ATGAGAGCTCTTCAAGCTTCCACTTCCTACAGCCTAGGCCTAGGCACATCGTCCGTCGCTGCTCCGCCGTCGCGTCCGCGTCGCCGCCTCGGCGCAGTCGCTAAAGTTGAGCCGACGGAGAAATCGATCGAAATAATGAGGAAATTTTCGGAGCAGTATGCTCGGAAGTCCGATACATATTTCTGTGTCGACAAAGGAGTCACATCTGTTGTCATCAAGGGATTGGCGGAACACAGGGATACATTGGGTGCTCCTCTGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769442.1
MRALQASTSYSLGLGTSSVAAPPSRPRRRLGAVAKVEPTEKSIEIMRKFSEQYARKSDTYFCVDKGVTSVVIKGLAEHRDTLGAPLCPCRHYDDKAAEAQQGFWNCPCVPMRERKECHCMLFLTPDNDFAGQEQAITLEEIRETTANM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器