Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002591`

染色体: Chr06 坐标: 37132780-37134838 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002591`
名称	SmilChr06G002591
描述	uncharacterized SmilChr06G002591
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	37132780 - 37134838 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989456`
GeneID	`130989456`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989456`
原始查询	`LOC130989456`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989456

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057769454.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057769454.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769454.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769454.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057769454.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:37132924`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	16	A18,A21,B12,B2,B28,B32,B71,B79,B82,C18,C37,C73,C86,C87,D4,D5
`Chr6:37132925`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	frameshift_variant	16	A18,A21,B12,B2,B28,B32,B71,B79,B82,C18,C37,C73,C86,C87,D4,D5
`Chr6:37132945`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	15	B135,B29,B37,B40,B47,B56,B63,B93,B96,C16,C17,C19,C44,C77,D8
`Chr6:37132964`	`AC`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	2	C49,C69
`Chr6:37132980`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr6:37132994`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C49
`Chr6:37132994`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C49
`Chr6:37133008`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr6:37133011`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr6:37133012`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	B1,B119,B22,B30,B34,B48,B7,C15,C25,C52
`Chr6:37133016`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B21,D1
`Chr6:37133060`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B41,B44,C34,C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913471.1
CTCAATACGAGAAAACCTGTTGCCCCTGGTCACACAAGCTATGCGCCAGTTAATAAATCTTTGAGTTCATCGGTTCGGAAGTCCCCTCAAGGACGATATAAAGCTAGCAATGAATCAGCAAAGGCTTCTGTGTCGGTAGCTTATCAGGTGGCCCAAGTGGTGCTTGCCACCAGACGCAGATCATATTATTCACAGAGTGATGTCGAGGTGAAAGCGAGTGTTGGATATGGACCTCATACTTCCAATGATGCAGAAAGTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989456
ATGACGCCGGATCTAGGACTGGGCACGATGTCGCAAATGCGTTTTTCTGGTTTGACGAGCACTCATTCAACGAGCACGTCTCAGTTTCCTTCAACAACATTCTCCGCTCAGATTGCACAGCTCCAGGCGGAGTTACAGCAAACACAGCAGAGGGAGGCTGCTTTACAGGCTGAAATGGAGGAGCGACGACAGAGGGAGGCTGCAATACAGGCGGAGTTGAAGGAGTGGCGTCGGAGGGAGACAGAAATGGAAACTAGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769454.1
MTPDLGLGTMSQMRFSGLTSTHSTSTSQFPSTTFSAQIAQLQAELQQTQQREAALQAEMEERRQREAAIQAELKEWRRRETEMETRQSEMQQQLTRILQFFQSSSRMFNSLDGMSPPPPTPTPVKLESGGEPSFAMEVEGENGSKEM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器