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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002787

染色体: Chr06 坐标: 40547991-40552592 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002787
名称SmilChr06G002787
描述uncharacterized SmilChr06G002787
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向40547991 - 40552592 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989535
GeneID130989535
locus_tag-
NCBI NameLOC130989535
原始查询LOC130989535

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822476]; symbol=AT3G28460; hit=AT3G28460; species=arabidopsis; confidence=high
产物methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822476]; symbol=AT3G28460; hit=AT3G28460; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G28460 (AT3G28460)
methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822476]
identity=66.2; qcov=0.877; evalue=1.17e-129; confidence=high
RiceOs03g0736400
-
identity=64.7; qcov=0.823; evalue=4.54e-112; confidence=high
GOGO:0008168 (methyltransferase activity); GO:0031167 (rRNA methylation)
KEGG-
PfamPF03602 (Cons_hypoth95)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989535

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057769490.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057769490.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769490.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769490.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769490.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769490.1
310 aa
N
1
155
310
Cons_hypoth95
C
PF03602 Cons_hypoth95 108-297 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769490.1 Pfam PF03602 Cons_hypoth95 Family 108 297 1.7e-45 155.6 Conserved hypothetical protein 95

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009090675.1
TTTCTTTTTGAGAAAAAATTCTTGCTTAATTATCATCACTTCAGCAGTCATCATCACTCAGCGAGCAGCAGAAAGGAAAAATGGCGATTTTGCCAACGCCATTGCACATTACAAGAAGTGATTTTGTCCATCCCAATCCCTATCTCGTCAGCGTGCCGTCGAAGCCCACACGCAGCTGCGCTCGCCGTCCGTTTGTTGTCACCTTTTCTTACAAACCCAGGAACGAAATTACTGGTAATGACAAGAAAAGGGAGTTCCTT...
XM_057913507.1
TTTCTTTTTGAGAAAAAATTCTTGCTTAATTATCATCACTTCAGCAGTCATCATCACTCAGCGAGCAGCAGAAAGGAAAAATGGCGATTTTGCCAACGCCATTGCACATTACAAGAAGTGATTTTGTCCATCCCAATCCCTATCTCGTCAGCGTGCCGTCGAAGCCCACACGCAGCTGCGCTCGCCGTCCGTTTGTTGTCACCTTTTCTTACAAACCCAGGAACGAAATTACTGGTAATGACAAGAAAAGGGAGTTCCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989535
ATGGCGATTTTGCCAACGCCATTGCACATTACAAGAAGTGATTTTGTCCATCCCAATCCCTATCTCGTCAGCGTGCCGTCGAAGCCCACACGCAGCTGCGCTCGCCGTCCGTTTGTTGTCACCTTTTCTTACAAACCCAGGAACGAAATTACTGGTAATGACAAGAAAAGGGAGTTCCTTGAGCAGTACGGTCTTAATCCCGATGAGTTCTTACCTAAACCATCTCGGAAGGTAAAGAGGAGAGGAGAGCAACGAAATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769490.1
MAILPTPLHITRSDFVHPNPYLVSVPSKPTRSCARRPFVVTFSYKPRNEITGNDKKREFLEQYGLNPDEFLPKPSRKVKRRGEQRNPEARNNTPLQEPKPPRETHKLLQVLGGTARRKKLLSPKSMDVRPMMEVVKGAAFSILQAAGGSPQSLRPGRWLDLYSGTGSVGIEAISRGCSEAHFVEMDPWVISDVLKPNLESTGFLEASVIHTARVETFLENAQRYLGKEAAFDYISVTPPYMLVDYTVLMDQVSNSSVVGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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