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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002801

染色体: Chr06 坐标: 40708314-40710270 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002801
名称SmilChr06G002801
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g36730-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向40708314 - 40710270 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989543
GeneID130989543
locus_tag-
NCBI NameLOC130989543
原始查询LOC130989543

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g36730-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g36730-like
ArabidopsisAT2G36730 (AT2G36730)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818245]
identity=49.2; qcov=0.937; evalue=1.33e-168; confidence=high
RiceOs09g0412900
-
identity=49.4; qcov=0.804; evalue=2e-141; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989543

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057769502.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057769502.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769502.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769502.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769502.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:40708719 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,B91,C73
Chr6:40708827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,B91,C49,C73
Chr6:40709463 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B95,C41
Chr6:40709603 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B18,B30,B59,D6
Chr6:40709827 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 1 C41
Chr6:40709827 A AAG 2bp_insertion CDS_variant 1 C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769502.1
521 aa
N
1
260
521
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
PPR
C
PF01535 PPR 174-197 aa PF01535 PPR 202-232 aa PF01535 PPR 275-302 aa PF13812 PPR_3 298-347 aa PF13041 PPR_2 301-348 aa PF01535 PPR 304-331 aa PF13812 PPR_3 324-384 aa PF01535 PPR 338-364 aa PF01535 PPR 374-399 aa PF20431 E_motif 427-483 aa PF01535 PPR 451-473 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769502.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 174 197 1.7e-35 119.4 PPR repeat
XP_057769502.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 202 232 1.7e-35 119.4 PPR repeat
XP_057769502.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 275 302 1.7e-35 119.4 PPR repeat
XP_057769502.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 298 347 5.4e-15 55.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769502.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 301 348 3.1e-35 120.8 PPR repeat family
XP_057769502.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 304 331 1.7e-35 119.4 PPR repeat
XP_057769502.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 324 384 5.4e-15 55.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769502.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 338 364 1.7e-35 119.4 PPR repeat
XP_057769502.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 374 399 1.7e-35 119.4 PPR repeat
XP_057769502.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 427 483 3.9e-12 46.9 E motif
XP_057769502.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 451 473 1.7e-35 119.4 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913519.1
TACTTTGTCTACAAGAAAAGGCTGCACAAAATTTTATATGATCTATTTAAAATTTTTATTACATCAAAATAAATGAGATATAGAGTGATAAATATAATTTATTTCTTCCTTATATCAAAATAAAATGGGTTATGATTGTATAACATAGCACTAGTACTAATATTTTTGTTACTCGAATGTGAGTGGATTCTAAACCAAACAATTCTTATATCTCTTGGAGAAAATAAAAAAATAATTTAGAGAATAAAGGCCCAAAAATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989543
ATGGTCCGATTTTCGGCTTCAACGGTCTCCGAAATTCAGCCGCCCAAGCCCTTCAACTGTAATTCAAATTTCACGCCGCTGGAACGATGCTTCTCTCTCTTGAAATCCTGTTCTTCGCTCAAACAAATTCTGCAGATTCACGTCCAGTTGATCATATCCGGCCTCTATGGCAATTCCTGCTTCGCTGACGAGATCATCCTGTTGTGCACTTCCGGTTCAATTAGGGCGAAACATCAAATTGATTGCATAAATCATGCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769502.1
MVRFSASTVSEIQPPKPFNCNSNFTPLERCFSLLKSCSSLKQILQIHVQLIISGLYGNSCFADEIILLCTSGSIRAKHQIDCINHAHRVANFYQKLESSSWNSVIRAYATSNSGSQREAMRAFLDMRRLGVGPDEHTFPYVFKSCASFSGLSEGRQVHGDALKHGCLLNVYVQNSMIHCYGFCKKLMDAYRVFDEMTHITLVSWNSMMNVNAECGWFYDSVELFFKMRNSGFVPDETTMVIALSACAEIGNLSLGKWLHS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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