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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002828

染色体: Chr06 坐标: 41048896-41049241 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002828
名称SmilChr06G002828
描述uncharacterized SmilChr06G002828
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向41048896 - 41049241 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989573
GeneID130989573
locus_tag-
NCBI NameLOC130989573
原始查询LOC130989573

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821581]; symbol=AT3G20362; hit=AT3G20362; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821581]; symbol=AT3G20362; hit=AT3G20362; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G20362 (AT3G20362)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821581]
identity=80.6; qcov=1; evalue=7.43e-13; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989573

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057769528.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057769528.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769528.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769528.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769528.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:41048993 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C5
Chr6:41048993 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C5
Chr6:41048998 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 22 A13,A9,B111,B117,B122,B123,B129,B137,B21,B31,B5,B54,B59,B6,B85,B88,B9,C26,C50,C67,C84,C9
Chr6:41049002 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr6:41049016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr6:41049048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr6:41049055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B25,C27,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913545.1
TTTCTATAGAGAATCCTGATTCTAATGAACGATTCATAAATATGAATGACGAATCCAAAAATTCTATACAATTATGAAAAACAGAAAGATCCCTCGGATCTGATTATTCCATTATATTGACAATTTCAAAAAACTGATCATACTATGATCATAGTATGAGGGCGGTTGGTCAAGTTGGCCCCCATCGTCTAGTGGTTTAGGACATCTCTCTTTCAAGGAGGCAGCGGGGATTCGAATTCCCCTGGGGGTAGGGTACTACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989573
ATGAGGGCGGTTGGTCAAGTTGGCCCCCATCGTCTAGTGGTTTAGGACATCTCTCTTTCAAGGAGGCAGCGGGGATTCGAATTCCCCTGGGGGTAG

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769528.1
MRAVGQVGPHRLVVXDISLSRRQRGFEFPWG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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