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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002830

染色体: Chr06 坐标: 41070167-41076940 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002830
名称SmilChr06G002830
描述uncharacterized SmilChr06G002830
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向41070167 - 41076940 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989574
GeneID130989574
locus_tag-
NCBI NameLOC130989574
原始查询LOC130989574

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824102]; symbol=AT3G49400; hit=AT3G49400; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824102]; symbol=AT3G49400; hit=AT3G49400; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G49400 (AT3G49400)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824102]
identity=40.8; qcov=1.04; evalue=0; confidence=medium
RiceOs01g0702400 (OsWD40-22)
-
identity=36.7; qcov=0.799; evalue=2.9e-130; confidence=medium
GOGO:0000127 (transcription factor TFIIIC complex); GO:0004402 (histone acetyltransferase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0006384 (transcription initiation at RNA polymerase III promoter)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40); PF12657 (TFIIIC_delta)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989574

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057769530.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057769530.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057769530.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769530.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769530.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:41070396 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C85
Chr6:41070396 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 1 C85
Chr6:41070418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr6:41070445 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C50
Chr6:41070454 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:41070467 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B46
Chr6:41070467 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B46
Chr6:41070469 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr6:41070504 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr6:41070515 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 6 B100,B113,B44,C32,C35,C64
Chr6:41070534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B22,B30,C15,C25
Chr6:41070541 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769530.1
877 aa
N
1
438
877
TFIIIC_delta
WD40
WD40
C
PF12657 TFIIIC_delta 92-477 aa PF00400 WD40 310-350 aa PF00400 WD40 423-457 aa
XP_057769531.1
877 aa
N
1
438
877
TFIIIC_delta
WD40
WD40
C
PF12657 TFIIIC_delta 92-477 aa PF00400 WD40 310-350 aa PF00400 WD40 423-457 aa
XP_057769532.1
877 aa
N
1
438
877
TFIIIC_delta
WD40
WD40
C
PF12657 TFIIIC_delta 92-477 aa PF00400 WD40 310-350 aa PF00400 WD40 423-457 aa
XP_057769533.1
879 aa
N
1
440
879
TFIIIC_delta
WD40
WD40
C
PF12657 TFIIIC_delta 94-479 aa PF00400 WD40 312-352 aa PF00400 WD40 425-459 aa
XP_057769534.1
877 aa
N
1
438
877
TFIIIC_delta
WD40
WD40
C
PF12657 TFIIIC_delta 92-477 aa PF00400 WD40 310-350 aa PF00400 WD40 423-457 aa
XP_057769535.1
877 aa
N
1
438
877
TFIIIC_delta
WD40
WD40
C
PF12657 TFIIIC_delta 92-477 aa PF00400 WD40 310-350 aa PF00400 WD40 423-457 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769530.1 Pfam PF12657 TFIIIC_delta Repeat 92 477 6.2e-23 82.4 Transcription factor IIIC subunit delta bet-propeller domain
XP_057769530.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 310 350 1.2e-08 35.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057769530.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 423 457 1.2e-08 35.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057769531.1 Pfam PF12657 TFIIIC_delta Repeat 92 477 6.2e-23 82.4 Transcription factor IIIC subunit delta bet-propeller domain
XP_057769531.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 310 350 1.2e-08 35.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057769531.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 423 457 1.2e-08 35.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057769532.1 Pfam PF12657 TFIIIC_delta Repeat 92 477 6.2e-23 82.4 Transcription factor IIIC subunit delta bet-propeller domain
XP_057769532.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 310 350 1.2e-08 35.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057769532.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 423 457 1.2e-08 35.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057769533.1 Pfam PF12657 TFIIIC_delta Repeat 94 479 6.3e-23 82.4 Transcription factor IIIC subunit delta bet-propeller domain
XP_057769533.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 312 352 1.2e-08 35.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057769533.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 425 459 1.2e-08 35.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057769534.1 Pfam PF12657 TFIIIC_delta Repeat 92 477 6.2e-23 82.4 Transcription factor IIIC subunit delta bet-propeller domain
XP_057769534.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 310 350 1.2e-08 35.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057769534.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 423 457 1.2e-08 35.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057769535.1 Pfam PF12657 TFIIIC_delta Repeat 92 477 6.2e-23 82.4 Transcription factor IIIC subunit delta bet-propeller domain
XP_057769535.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 310 350 1.2e-08 35.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057769535.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 423 457 1.2e-08 35.9 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913548.1
CAAGTATTTTGTAAGCCCAATCAGATTAATACATCTCTCTCCTTTCTTCTCTTTTCCTCACGCAGACCCGCTCAAACCCTCTCTTTACCTTCACTCCCACTCTCAGCCGTCTCTCTCCCTCTCTACCTCTCCGGCGAATATCGCCGGCTTTCGCCGCTTCCGGCGCGGCGAGGCTGACGCAGCTTCTCCCCTTCCTCTTTCTTCCCTCTCCTTTCTACATTTAATTCCCCAAATTCTAAAATCAATTCAACCTAGGGTTT...
XM_057913550.1
TTTTGTAAGCCCAATCAGATTAATACATCTCTCTCCTTTCTTCTCTTTTCCTCACGCAGACCCGCTCAAACCCTCTCTTTACCTTCACTCCCACTCTCAGCCGTCTCTCTCCCTCTCTACCTCTCCGGCGAATATCGCCGGCTTTCGCCGCTTCCGGCGCGGCGAGGCTGACGCAGCTTCTCCCCTTCCTCTTTCTTCCCTCTCCTTTCTACATTTAATTCCCCAAATTCTAAAATCAATTCAACCTAGGGTTTTCAATC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130989574
ATGAAAATGTCGGGTGTTACATGCTTTCAATCTGCCGTCTTCACATTGCGGACTGTTTACCCCAACGCCGTCATCTGGTCCGAAGAAAATTTGGTGGCGGTGGCGTGCGGCGCTGCTGTCATAATTTTGAATCCTCATAATCCTAAAGTTCGAGGTGTGATTGTCGTTCCATCTAGCAAGCGCTTTCCCACTGGGAAGATTGATGATGATGGCAGAGGTGCGGATTTGCTAAATGGGTGTTTGCTTCCTTATCATTTATC...
LOC130989574
ATGTCGGGTGTTACATGCTTTCAATCTGCCGTCTTCACATTGCGGACTGTTTACCCCAACGCCGTCATCTGGTCCGAAGAAAATTTGGTGGCGGTGGCGTGCGGCGCTGCTGTCATAATTTTGAATCCTCATAATCCTAAAGTTCGAGGTGTGATTGTCGTTCCATCTAGCAAGCGCTTTCCCACTGGGAAGATTGATGATGATGGCAGAGGTGCGGATTTGCTAAATGGGTGTTTGCTTCCTTATCATTTATCGCGGGA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057769530.1
MSGVTCFQSAVFTLRTVYPNAVIWSEENLVAVACGAAVIILNPHNPKVRGVIVVPSSKRFPTGKIDDDGRGADLLNGCLLPYHLSRETRPCARSISWSPAGLASNAGCLLAVCTTGGHVKVYRRPHCSLEWVEVVNISEALYNYYKNTNFGEFQIVPSEGSDVIPRQDTADHKCTYGTFFRKSHKHRRQKAADIVTEDHGNLGEKNTWQIVPVSFYEGKPSEEVTEECLPLISAQQYASRNEMLMSLIVAWSPILETSGN...
XP_057769531.1
MSGVTCFQSAVFTLRTVYPNAVIWSEENLVAVACGAAVIILNPHNPKVRGVIVVPSSKRFPTGKIDDDGRGADLLNGCLLPYHLSRETRPCARSISWSPAGLASNAGCLLAVCTTGGHVKVYRRPHCSLEWVEVVNISEALYNYYKNTNFGEFQIVPSEGSDVIPRQDTADHKCTYGTFFRKSHKHRRQKAADIVTEDHGNLGEKNTWQIVPVSFYEGKPSEEVTEECLPLISAQQYASRNEMLMSLIVAWSPILETSGN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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