Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002835`

染色体: Chr06 坐标: 41129055-41132780 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002835`
名称	SmilChr06G002835
描述	SPX domain-containing protein 4-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	41129055 - 41132780 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989581`
GeneID	`130989581`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989581`
原始查询	`LOC130989581`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SPX domain-containing protein 4-like
产物	SPX domain-containing protein 4-like
Arabidopsis	`AT5G15330` (SPX4) SPX domain-containing protein 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831385] identity=49.5; qcov=1.15; evalue=6.4e-89; confidence=high
Rice	`Os03g0827500` (OsSPX4) - identity=48.6; qcov=1.11; evalue=2.43e-88; confidence=high
GO	GO:0016036 (cellular response to phosphate starvation)
KEGG	-
Pfam	PF03105 (SPX)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989581

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057769546.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057769546.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057769546.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057769545.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769545.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:41131975`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,C49
`Chr6:41132240`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr6:41132347`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B47
`Chr6:41132348`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,C14,C41
`Chr6:41132398`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr6:41132530`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B47
`Chr6:41132567`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769545.1

317 aa

158

317

SPX

PF03105 SPX 1-36 aa

XP_057769546.1

282 aa

141

282

SPX

PF03105 SPX 1-36 aa PF03105 SPX 108-154 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769545.1`	Pfam	`PF03105`	SPX	Domain	1	36	3.5e-15	57.6	SPX domain
`XP_057769546.1`	Pfam	`PF03105`	SPX	Domain	1	36	4.5e-21	77.0	SPX domain
`XP_057769546.1`	Pfam	`PF03105`	SPX	Domain	108	154	4.5e-21	77.0	SPX domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913562.1
GATTAATGAAATGAGAATAATTAATTATTTATTTATTATAATAAGCGATTGAACTGTTACTATTAAATTCGCCCTAAACCTAAAGAAATGAAGTGTCCATCTATGAATCCTCATGCACTACCTTCAAACAAACTGTATATTTCAACAAATTCAACATCCTATCATTTCTTGGATCCACAGCTGGTTGAAACTCATCAACCAATAATAGTAATCACAAATTCAATCAAGGAATTGTATTCAACGAAGACTACTTGTATTCT...

XM_057913563.1
AATGAGAATAATTAATTATTTATTTATTATAATAAGCGATTGAACTGTTACTATTAAATTCGCCCTAAACCTAAAGAAATGAAGTGTCCATCTATGAATCCTCATGCACTACCTTCAAACAAACTGTATATTTCAACAAATTCAACATCCTATCATTTCTTGGATCCACAGCTGGTTGAAACTCATCAACCAATAATAGTAATCACAAATTCAATCAAGGAATTGTATTCAACGAAGACTACTTGTATTCTCTCTTCCCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130989581
ATGAAATTTGGGAGGGAATTTGGGAATCACTTGGAGAAAACCCTACCCGGATGGAGGGACGAATATCTGCGCTACAAGCTTTTGAAGAAGCTGCTGAATAACATCTCACCCGCCGCCGGAGTTCTGCCGCTGCCGGAGTTCCAGGTCTGGTTTGTGGCGGTTCTCGCTGGGGAAATTGAAAAGTTCAACGATTTCTACGTCGGCAAGGAGGAGGATCTCATCATCCGCTTCCAGGCCCTTAAGGAGGCAATTAAGCGAGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057769545.1
MKFGREFGNHLEKTLPGWRDEYLRYKLLKKLLNNISPAAGVLPLPEFQVWFVAVLAGEIEKFNDFYVGKEEDLIIRFQALKEAIKRVKSRERYYEMFTSESEFSEYLTRIRKDLVVIHGEMVLLISYSSLNFAGNEAAPYHLFPRVKFKLFFTIRDIFKLLCINHILVGIIKILKKYDKRTGAMLSIPFTQLAFHQPFFKTEPLTRLVHDCEANLEVLLPRRAEEHTGTNASLETLLLVEDTGDVYRSTIATISTIEELK...

XP_057769546.1
MKFGREFGNHLEKTLPGWRDEYLRYKLLKKLLNNISPAAGVLPLPEFQVWFVAVLAGEIEKFNDFYVGKEEDLIIRFQALKEAIKRVKSRERYYEMFTSESEFSEYLTRIRKDLVVIHGEMVLLISYSSLNFAGIIKILKKYDKRTGAMLSIPFTQLAFHQPFFKTEPLTRLVHDCEANLEVLLPRRAEEHTGTNASLETLLLVEDTGDVYRSTIATISTIEELKKKPSSTYNSLSMSYLFRSKDEDGSGAVTAENSPCN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器