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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002864

染色体: Chr06 坐标: 41467329-41469135 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002864
名称SmilChr06G002864
描述uncharacterized SmilChr06G002864
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向41467329 - 41469135 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989608
GeneID130989608
locus_tag-
NCBI NameLOC130989608
原始查询LOC130989608

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989608

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057769607.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057769607.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057769607.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769607.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769607.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:41468093 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B22,B43,C44
Chr6:41468149 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B137,B49,C25,C69
Chr6:41468165 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr6:41468172 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 70 A10,A11,A13,A16,A18,A20,A23,A24,A3,A5,A9,B1,B100,B106,B117,B127,B128,B131,B134,B135,B14,B15,B2,B26,B35,B45,B53,B54,B59,B61,B7,B71,B75,B76,B79,B86,B89,B93,B97,C10,C18,C19,C20,C28,C3,C32,C33,C46,C49,C5,C53,C57,C59,C61,C63,C64,C7,C70,C73,C74,C75,C78,C82,C83,C85,C86,C9,D3,D7,D9
Chr6:41468173 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 109 A1,A10,A13,A16,A18,A20,A23,A24,A3,A5,A6,A7,A9,B1,B100,B106,B107,B112,B114,B117,B121,B124,B127,B128,B131,B134,B135,B137,B14,B15,B17,B2,B24,B25,B26,B28,B29,B3,B35,B45,B47,B48,B52,B53,B54,B56,B57,B59,B61,B7,B71,B75,B76,B79,B86,B88,B89,B93,B95,B96,B97,B99,C18,C19,C20,C23,C24,C25,C28,C3,C31,C32,C33,C35,C43,C44,C45,C46,C48,C49,C5,C50,C52,C53,C56,C57,C59,C61,C62,C63,C64,C7,C70,C73,C74,C75,C76,C78,C79,C82,C83,C84,C85,C86,C9,D3,D6,D7,D9
Chr6:41468178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B88,C75
Chr6:41468185 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C26
Chr6:41468185 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C26
Chr6:41468187 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr6:41468214 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 17 A14,A18,A21,B2,B28,B46,B55,B70,B78,B81,B82,C23,C62,C68,C87,D11,D4
Chr6:41468238 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 30 A1,A6,B124,B133,B137,B17,B24,B25,B28,B29,B3,B47,B48,B52,B56,B57,B79,B95,B99,C24,C25,C31,C35,C40,C50,C52,C62,C65,C84,D6
Chr6:41468406 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 2 B134,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913624.1
GTATTGCTTATTGAGGCCCATATTATATTATATATGTTGTCCGATCCCCTTAAAAAACAAATAAACCTAGAAGAAGAAATTAGGGCTTTGAAGAAAAGGGAGGAGAGATGGAGGCGATTCTAATTGTCGGAGGGTCCGAAGATGGGTTCGGAGCGGATGATGGGAAGCCTAACTTGTGGTTAGAATTCCATAAGGTGGATCTGAAACAAGGAGGAAAAGTTGAGAAGAATTGCTATCCGAAGCTGCGTTCTTGGGGGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989608
ATGGAGGCGATTCTAATTGTCGGAGGGTCCGAAGATGGGTTCGGAGCGGATGATGGGAAGCCTAACTTGTGGTTAGAATTCCATAAGGTGGATCTGAAACAAGGAGGAAAAGTTGAGAAGAATTGCTATCCGAAGCTGCGTTCTTGGGGGATGGTAGGTACCATGTTTTTGGTCAAGTCCAAGCTGTGCTTGGCAGGATGTACGGCCAAAGCTGATCAAGCGGAGGAATACGCCTGTTTTTTGGATTTGGATTCAGATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769607.1
MEAILIVGGSEDGFGADDGKPNLWLEFHKVDLKQGGKVEKNCYPKLRSWGMVGTMFLVKSKLCLAGCTAKADQAEEYACFLDLDSDSNSYSDSEWKHLPLPVGCLAFGTLDGKIYGHNHFDRYAEDENLGSDWFEIIRDPLPEEEEGEHVMIPDPPNNRILFYTTSGKMYAYYPTHCESRLRLVAADVSPWSPLVVIVANIAYIAVGSNYPWMLYAYDLSNGKYLKCVWTSTEVDGVDFFDFLCDVRGLFHLPNTNNFWL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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