当前解析结果
SmilChr06G002868| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002868 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002868 |
| 描述 | early nodulin-like protein 17 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 41524485 - 41526381 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989612 |
|---|---|
| GeneID | 130989612 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989612 |
| 原始查询 | LOC130989612 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | early nodulin-like protein 17 |
| 产物 | early nodulin-like protein 17 |
| Arabidopsis | AT5G15350 (ENODL17)early nodulin-like protein 17 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831387] identity=51.5; qcov=0.97; evalue=4.99e-57; confidence=high |
| Rice | Os09g0557900 (OsENODL21)- identity=40.8; qcov=0.714; evalue=1.45e-27; confidence=medium |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02298 (Cu_bind_like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989612 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057769609.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769609.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769609.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769609.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057769609.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:41524779 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B45,B47,B91 |
Chr6:41524828 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,B4 |
Chr6:41524837 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,B4 |
Chr6:41524881 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C16 |
Chr6:41524911 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr6:41524920 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr6:41524931 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C49 |
Chr6:41526012 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B23,C35,C58 |
Chr6:41526015 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 17 | A11,A7,B105,B11,B128,B17,B20,B56,B62,B70,B87,B89,C1,C3,C34,C8,C9 |
Chr6:41526029 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 17 | A11,A7,B105,B11,B17,B20,B41,B56,B62,B70,B87,B89,C1,C3,C34,C8,C9 |
Chr6:41526064 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A14,A5,B78,C27,C37 |
Chr6:41526071 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 118 | A10,A11,A13,A14,A16,A19,A2,A20,A21,A22,A3,A5,A6,A8,A9,B1,B105,B106,B108,B109,B11,B110,B111,B117,B122,B123,B125,B128,B13,B131,B136,B139,B17,B18,B20,B25,B26,B28,B3,B31,B32,B33,B35,B39,B42,B43,B48,B49,B5,B52,B54,B55,B56,B65,B66,B67,B71,B72,B73,B74,B76,B77,B81,B85,B86,B88,B9,B93,B94,B95,B97,B98,B99,C10,C11,C13,C14,C16,C17,C19,C2,C20,C27,C31,C32,C33,C38,C39,C40,C42,C44,C46,C50,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C59,C60,C61,C69,C71,C74,C76,C77,C79,C81,C83,C84,C87,C9,D1,D2,D3,D4,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769609.1PF02298
Cu_bind_like 37-119 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769609.1 |
Pfam | PF02298 |
Cu_bind_like | Domain | 37 | 119 | 7.2e-21 | 74.7 | Plastocyanin-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。