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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002875

染色体: Chr06 坐标: 41579644-41582463 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002875
名称SmilChr06G002875
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21300-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向41579644 - 41582463 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989619
GeneID130989619
locus_tag-
NCBI NameLOC130989619
原始查询LOC130989619

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21300-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21300-like
ArabidopsisAT4G21300 (AT4G21300)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827878]
identity=32.2; qcov=0.971; evalue=2.11e-135; confidence=low
RiceOs01g0357800
-
identity=41.7; qcov=0.957; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989619

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057769622.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769622.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769622.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769622.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769622.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:41580452 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr6:41580458 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr6:41580462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr6:41580741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr6:41580968 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr6:41580979 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B50,C47,C7,D10
Chr6:41580989 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr6:41580995 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C47,C7
Chr6:41581063 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,C71
Chr6:41581127 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B81
Chr6:41581293 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,C15,C25
Chr6:41582070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769622.1
783 aa
N
1
392
783
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_1
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 100-129 aa PF01535 PPR 172-198 aa PF13812 PPR_3 197-243 aa PF13041 PPR_2 197-245 aa PF01535 PPR 200-216 aa PF01535 PPR 307-331 aa PF01535 PPR 376-397 aa PF01535 PPR 406-429 aa PF13041 PPR_2 503-549 aa PF01535 PPR 505-532 aa PF01535 PPR 578-603 aa PF13041 PPR_2 606-651 aa PF01535 PPR 607-635 aa PF13812 PPR_3 608-650 aa PF01535 PPR 641-668 aa PF12854 PPR_1 671-700 aa PF01535 PPR 678-700 aa PF20431 E_motif 721-782 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769622.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 100 129 2.7e-59 194.1 PPR repeat
XP_057769622.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 172 198 2.7e-59 194.1 PPR repeat
XP_057769622.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 197 243 3.6e-24 85.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769622.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 197 245 6.6e-64 212.5 PPR repeat family
XP_057769622.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 200 216 2.7e-59 194.1 PPR repeat
XP_057769622.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 307 331 2.7e-59 194.1 PPR repeat
XP_057769622.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 376 397 2.7e-59 194.1 PPR repeat
XP_057769622.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 406 429 2.7e-59 194.1 PPR repeat
XP_057769622.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 503 549 6.6e-64 212.5 PPR repeat family
XP_057769622.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 505 532 2.7e-59 194.1 PPR repeat
XP_057769622.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 578 603 2.7e-59 194.1 PPR repeat
XP_057769622.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 606 651 6.6e-64 212.5 PPR repeat family
XP_057769622.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 607 635 2.7e-59 194.1 PPR repeat
XP_057769622.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 608 650 3.6e-24 85.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769622.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 641 668 2.7e-59 194.1 PPR repeat
XP_057769622.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 671 700 8.6e-25 86.9 PPR repeat
XP_057769622.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 678 700 2.7e-59 194.1 PPR repeat
XP_057769622.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 721 782 8.2e-13 49.1 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913639.1
GAATTAGCAATAAATATTTTCTAATTTTGCATATAATAACTAACATCAATTGATAGTTTTGGACTGTAAATCAGATCTACACCTTTCCATGCGACAGAACTTTAAACTTCAATCAAAGCAAATAAAGGGCAAAAGTGAAAAGTACTCGACAAAATCTATGGACTTTTATGACTCCAATGTTGGGTGCACATGGTCATTTTTATTGACATTTAATTCTTTTTTCTTTAAATTTATTAGATTTTTAGTTTCTGTAATATGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989619
ATGAATCTATTTTTGCCAATAAAATATTGGAAAAACCCTAAATTTTTTCTTTCATCAAAATCCTCAATTTCATATTTACCCAACTCTACTGCAGAGAATCTACCTGAAAAATTTGTTTCTTTTTTGGAAACCTGTCCAGATATCAGTTTTCTGAAGAAACTGCATGCTTGTGTGATCACACATGGCCTTGAACGCAACATATTTCTGGGCTCCAAGCTTTTTAATTTACTTGCAAAATTCAATCTTTTGGCAGAATCTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769622.1
MNLFLPIKYWKNPKFFLSSKSSISYLPNSTAENLPEKFVSFLETCPDISFLKKLHACVITHGLERNIFLGSKLFNLLAKFNLLAESKWVFNKIINDNLSLWNSIVVGYFRADQYSEVLGIYSKLRRKRIGIHSSSITFALKSCVELGASKFGRSLHADAVRFGLGSDRFVGSSLIEFYTKCDRIGEAAKVFDEIAERDVVAYTSLVTGYSKAGDHRANEAFRVAAEMQMNGLEPNRVTLVSLLRCASQLRALNEGRSIHG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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