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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002871

染色体: Chr06 坐标: 41549292-41551430 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002871
名称SmilChr06G002871
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g29230
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向41549292 - 41551430 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989624
GeneID130989624
locus_tag-
NCBI NameLOC130989624
原始查询LOC130989624

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g29230
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g29230
ArabidopsisAT3G29230 (AT3G29230)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822578]
identity=55.7; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0327200 (P0706E03.7)
-
identity=35.6; qcov=1; evalue=1.39e-125; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989624

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057769632.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769632.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769632.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769632.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769632.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:41549629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr6:41549814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B14,D4
Chr6:41549847 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 40 A10,A18,A19,A25,A5,A9,B102,B109,B115,B136,B138,B139,B17,B25,B4,B46,B49,B5,B63,B65,B77,B82,B83,B86,C26,C27,C31,C36,C4,C43,C44,C45,C49,C53,C55,C56,C7,C70,C78,D5
Chr6:41550004 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,B37
Chr6:41550021 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,C82,D11
Chr6:41550036 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B128,C19,C33
Chr6:41550220 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr6:41550603 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr6:41550615 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,B74,C51,C74
Chr6:41550667 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B14
Chr6:41550681 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr6:41550880 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769632.1
594 aa
N
1
297
594
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF13041 PPR_2 80-127 aa PF13812 PPR_3 80-127 aa PF01535 PPR 85-113 aa PF01535 PPR 153-181 aa PF12854 PPR_1 180-208 aa PF13041 PPR_2 181-211 aa PF01535 PPR 183-210 aa PF01535 PPR 214-243 aa PF12854 PPR_1 242-270 aa PF01535 PPR 245-274 aa PF13041 PPR_2 274-319 aa PF01535 PPR 276-306 aa PF13041 PPR_2 345-375 aa PF01535 PPR 348-375 aa PF13812 PPR_3 373-421 aa PF13041 PPR_2 375-421 aa PF01535 PPR 377-405 aa PF01535 PPR 412-439 aa PF01535 PPR 449-473 aa PF20431 E_motif 492-554 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769632.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 80 127 3.8e-88 290.2 PPR repeat family
XP_057769632.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 80 127 3.7e-33 114.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769632.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 85 113 5.3e-82 265.2 PPR repeat
XP_057769632.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 153 181 5.3e-82 265.2 PPR repeat
XP_057769632.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 180 208 3.4e-59 196.9 PPR repeat
XP_057769632.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 181 211 3.8e-88 290.2 PPR repeat family
XP_057769632.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 183 210 5.3e-82 265.2 PPR repeat
XP_057769632.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 214 243 5.3e-82 265.2 PPR repeat
XP_057769632.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 242 270 3.4e-59 196.9 PPR repeat
XP_057769632.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 245 274 5.3e-82 265.2 PPR repeat
XP_057769632.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 274 319 3.8e-88 290.2 PPR repeat family
XP_057769632.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 276 306 5.3e-82 265.2 PPR repeat
XP_057769632.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 345 375 3.8e-88 290.2 PPR repeat family
XP_057769632.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 348 375 5.3e-82 265.2 PPR repeat
XP_057769632.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 373 421 3.7e-33 114.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769632.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 375 421 3.8e-88 290.2 PPR repeat family
XP_057769632.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 377 405 5.3e-82 265.2 PPR repeat
XP_057769632.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 412 439 5.3e-82 265.2 PPR repeat
XP_057769632.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 449 473 5.3e-82 265.2 PPR repeat
XP_057769632.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 492 554 8.4e-09 36.3 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913649.1
AAAAATAAAAATAAAATCTATAAAAAAATCCAACAAAAAAGGGTTTCCCAAAAGAAAAGAAAATATCTATACTTCTTATCTTGAATCTCCATTCTAAATTCCCTAACGGCCTTACACTCTTTTCAAAATGCAGATTCCGTTGCCGGCTCGAGCTCCGACGCTGCTGTCGCGGCGGAGGCTCTTCGAGCAGAAGCTCTCGGACCTCCACAAATGCACCGACCTCAGCGAGCTCAAACAGCTCCACGCGCTCATATACAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989624
ATGCAGATTCCGTTGCCGGCTCGAGCTCCGACGCTGCTGTCGCGGCGGAGGCTCTTCGAGCAGAAGCTCTCGGACCTCCACAAATGCACCGACCTCAGCGAGCTCAAACAGCTCCACGCGCTCATATACAAATCCAATCTTCACGGAGACCTCTTCGTCGCGCCCAAACTCATCTCCGCCTTCTCCCTGTGCCGCGAAATGGGGCTAGCCCTCACCGTATTCGATCAAGTTCCCAACCCTAATGCACATCTCTGCAACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769632.1
MQIPLPARAPTLLSRRRLFEQKLSDLHKCTDLSELKQLHALIYKSNLHGDLFVAPKLISAFSLCREMGLALTVFDQVPNPNAHLCNTLIKAYVRNSDPEKAFEIFYRMQASGITPDNYTYLFLLKAHSGLKFVKVIHAYVEKWNLYSDLFMPNSLIDAYSKYGLTGVEAAKSLFDGMEERDLVTYNSMISGLVKAGQLKEAQKLFDEMPHRDRVSWNAILDGYVKAGEMITAFEVFEKMPSRDVVSWSTVISGYAKMGDI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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