Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002900`

染色体: Chr06 坐标: 41817754-41820825 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002900`
名称	SmilChr06G002900
描述	SH3 domain-containing protein C23A1.17
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	41817754 - 41820825 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989643`
GeneID	`130989643`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989643`
原始查询	`LOC130989643`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SH3 domain-containing protein C23A1.17
产物	SH3 domain-containing protein C23A1.17
Arabidopsis	`AT5G61190` (AT5G61190) putative endonuclease or glycosyl hydrolase with C2H2-type zinc finger domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836240] identity=47.6; qcov=0.122; evalue=3.57e-06; confidence=weak
Rice	`Os10g0324600` - identity=38.5; qcov=0.529; evalue=1.84e-28; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF12874 (zf-met)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989643

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057769658.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769658.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769658.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057769658.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057769658.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:41818027`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B134,C25,C56
`Chr6:41818259`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B4,D6
`Chr6:41818372`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B47,B84,D1
`Chr6:41818401`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,B44
`Chr6:41818554`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr6:41818559`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B93
`Chr6:41818559`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B93
`Chr6:41818561`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr6:41820348`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B79,C36
`Chr6:41820460`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B79,C36
`Chr6:41820528`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B128,C19
`Chr6:41820570`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B131,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769658.1

344 aa

172

344

zf-met

PF12874 zf-met 165-188 aa PF12874 zf-met 305-327 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769658.1`	Pfam	`PF12874`	zf-met	Domain	165	188	5.1e-14	52.7	Zinc-finger of C2H2 type
`XP_057769658.1`	Pfam	`PF12874`	zf-met	Domain	305	327	5.1e-14	52.7	Zinc-finger of C2H2 type

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913675.1
AAATCTTAGAAAGAAGCCCTCATCTCCTAAAAAGGAAAAAAAGAAAAGCATGATAGAAAAAGGGTGAAATTAGTGGAAGCATTTTGTTAACGCTGCAATTGTAGAAAAGACATCAGAAAATCCGTTGTGCTACAATAACAATTCAATGGCGTTATGAACCAATTTTCCATCGCCATGAATTACACCAATTGGGCTGAAATTCAACAAAACCCTAACCCTAATTCTGATTTTTCAGTGCTGCTGCACGCCCCGAATCACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989643
ATGAACCAATTTTCCATCGCCATGAATTACACCAATTGGGCTGAAATTCAACAAAACCCTAACCCTAATTCTGATTTTTCAGTGCTGCTGCACGCCCCGAATCACTCCCTTCAAAATCTCCCTCCCGATCCCTACCAACAGTTACATGTCCCTTCCCACACTGCATTCTTCCTCCCTCCTCAGCCTCGACCGCCGGGCGTTGACCTGCCCTACGTGCCGCCGCCGGTGCCCGTCACCTACGCGCCGCCGCCGCAGCCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769658.1
MNQFSIAMNYTNWAEIQQNPNPNSDFSVLLHAPNHSLQNLPPDPYQQLHVPSHTAFFLPPQPRPPGVDLPYVPPPVPVTYAPPPQPVTYVHQPSFEAQQGADAAAAASAYYHPDPNVSWVAAIPQFGATPYAAGVSSTPNPVIQPQRRYTWKKAPKKTKVVQSAWCEVCKVDCNSKGVLDQHKLGRKHLKNLQKLVAATPTISAPIFAAPISAITVNPPTSIAVPPATIVMSTSLPVPTPAPAPAPIPASASASEPVIGP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器