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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003061

染色体: Chr01 坐标: 49493012-49495746 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003061
名称SmilChr01G003061
描述F-box/kelch-repeat protein At1g51550
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向49493012 - 49495746 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989687
GeneID130989687
locus_tag-
NCBI NameLOC130989687
原始查询LOC130989687

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/kelch-repeat protein At1g51550
产物F-box/kelch-repeat protein At1g51550
ArabidopsisAT1G51550 (AT1G51550)
Kelch repeat-containing F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841580]
identity=55.5; qcov=0.871; evalue=3.68e-167; confidence=high
RiceOs08g0230300 (Os_F0765)
-
identity=51.5; qcov=0.879; evalue=3.73e-158; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like); PF24681 (Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989687

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057769734.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057769734.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057769734.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769734.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769734.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:49493255 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B59
Chr1:49493255 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B59
Chr1:49493293 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:49493418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr1:49493713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:49493848 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:49493866 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,B94
Chr1:49494142 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr1:49494916 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B61,C43
Chr1:49495300 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 17 A14,A15,A6,B105,B112,B113,B118,B123,B124,B3,B74,B84,C14,C40,C8,C83,C85
Chr1:49495343 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 61 A10,A11,A14,A24,A3,B110,B111,B112,B125,B126,B130,B16,B19,B2,B21,B24,B25,B29,B41,B42,B43,B48,B5,B52,B54,B62,B70,B71,B74,B80,B84,B90,B91,B92,B94,B97,B98,C17,C22,C24,C27,C3,C31,C4,C45,C48,C5,C50,C52,C55,C58,C6,C62,C63,C67,C75,C77,C78,C80,C86,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769734.1
521 aa
N
1
260
521
F-box
F-box-like
Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7
C
PF00646 F-box 79-118 aa PF12937 F-box-like 79-123 aa PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 228-439 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769734.1 Pfam PF00646 F-box Domain 79 118 2.5e-07 31.0 F-box domain
XP_057769734.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 79 123 5.7e-07 29.9 F-box-like
XP_057769734.1 Pfam PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 Repeat 228 439 1e-55 189.2 KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913751.1
TTTCGTGTCAATTTTGAAAGTCCCATTTATGCTAACAAATTAGGGTTGGAAACGAGTCGAGTCGCTCGACATGTTTAATTTTTAAAATTTTTGTATTTCTATCTTGTTGATAAACCTCGGTTCGTCACTCAACTAATCTTGAGCTAAGTTCGAGCTCAGCTCGTTGAAACCTCAAATAGCCAGCGAGTAGCCTGGTTCGTTTCTAGCGGTAGTGAAAGCACACCATTTTTGTTAATAGATAAAACAGGGAAGTTTACAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989687
ATGGCCTTTGCCAGTGGGGCTCTAACATTATGCCTATCTTCATTTAGATTGCCAAATTCCTTGAAAATATTTTATTTTATTTTCCCAAACAAACGTACGTTTCGCGGTAAAAAAATGGAGGGGATGGGCAGTGAAAAAGAGAGGCAGAGAAATCAACAAATGGAGAGGAAAAGACACAGATTTTGCCCCATGGCAGAGAGCAGCAGTAATGGATCATCTTCATCGCCTGTGACGAGAATTCCTCTAGACCATCTGTTTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769734.1
MAFASGALTLCLSSFRLPNSLKIFYFIFPNKRTFRGKKMEGMGSEKERQRNQQMERKRHRFCPMAESSSNGSSSSPVTRIPLDHLFSILLLLPIESILSFSMTCRKLRSLADSDSLWESVCRRDWGSAPVEALKPSNGLPWKKLYQQVYELDSVLCHRLLAEGGEGAPTPRASHSLNLVSGCLVLFGGGCTGGRHLDDTWAAYTGNDLRRSSLKWQKMKSGIPSGRFGHSCVVVDDLLILFGGINDQGVRQTDTWIGQMT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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