Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003068`

染色体: Chr01 坐标: 49523353-49527190 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003068`
名称	SmilChr01G003068
描述	beta-glucuronosyltransferase GlcAT14C-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	49523353 - 49527190 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989718`
GeneID	`130989718`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989718`
原始查询	`LOC130989718`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	beta-glucuronosyltransferase GlcAT14C-like
产物	beta-glucuronosyltransferase GlcAT14C-like
Arabidopsis	`AT1G71070` (AT1G71070) Core-2/I-branching beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843447] identity=40.2; qcov=0.856; evalue=1.83e-91; confidence=medium
Rice	`Os01g0772500` - identity=41.9; qcov=0.849; evalue=1.35e-89; confidence=medium
GO	GO:0015020 (glucuronosyltransferase activity); GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF02485 (Branch)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989718

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057769776.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769776.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769776.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769776.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057769776.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:49526678`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr1:49526739`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C37,C64
`Chr1:49526922`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B32,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769776.1

424 aa

212

424

Branch

PF02485 Branch 72-320 aa

XP_057769782.1

424 aa

212

424

Branch

PF02485 Branch 72-320 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769776.1`	Pfam	`PF02485`	Branch	Family	72	320	4.7e-50	171.2	Core-2/I-Branching enzyme
`XP_057769782.1`	Pfam	`PF02485`	Branch	Family	72	320	4.7e-50	171.2	Core-2/I-Branching enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913793.1
CGTCATCACTAACTAAATATTTGATAATACACTAAGGTGCGGGCAACTAAAACGTCGATTTTGATTTGAATTACTCAAGTTGATTTTCAAAGCTCAAATTTCAGGTTTTAAAGGCCGGAGGCGCGTGGAAGGTCGAATGGCGAATCAAATGTTTTGAGTTTAGTTTCACTTAAAAATATTATGTTTAGTAAAGTATTTTTAAATAAGATATTTATTTCTTTATTTTCACATTAAATATTTATTTATAGTCATGATTTTTC...

XM_057913799.1
GTCATCACTAACTAAATATTTGATAATACACTAAGGTTTTAAAGGCCGGAGGCGCGTGGAAGGTCGAATGGCGAATCAAATGTTTTGAGTTTAGTTTCACTTAAAAATATTATGTTTAGTAAAGTATTTTTAAATAAGATATTTATTTCTTTATTTTCACATTAAATATTTATTTATAGTCATGATTTTTCCGCGTGCGTATTCATTTAAATTTAAAATGGATTTGGGTGTCACACATATATTGGATTATGCAATCATTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130989718
ATGAAGATGAATAAGTTGAAGTTATTGCCAATGATCCCTTGTTCCAATAAATCATGCTTTCTGAGCTCTGTAGTGGCTCTAATGGTGCTAGTAGTGACACTGTCACATCTCTGTGATCAAACCAAGAGATTATCATCCAAATACACCACAATTAGTCACACACATTTGCAGCCTAGGAGGGCACCTTCAAAGGGGCCTAATGCACCTCCAATCTTGGCCTACTGGATCCTCGGAACGAAGGGCGAAAACCGGAGGATGAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057769776.1
MKMNKLKLLPMIPCSNKSCFLSSVVALMVLVVTLSHLCDQTKRLSSKYTTISHTHLQPRRAPSKGPNAPPILAYWILGTKGENRRMMRLLKAIYHPRNHYLLQLDSSASHHERLELSIWAHSEMVFEQFGNVDVVGKSYAVNPMAASGLAAVLHAAALILRLREDWDWFVPLSTSDYPILPQDDILYAFSSLPKDVIFMGYNNATSFQKRQSARQIVVDPSLYLTKKASIFYAVETREKPDAFEIFGGSPWMVLTRGFLE...

XP_057769782.1
MKMNKLKLLPMIPCSNKSCFLSSVVALMVLVVTLSHLCDQTKRLSSKYTTISHTHLQPRRAPSKGPNAPPILAYWILGTKGENRRMMRLLKAIYHPRNHYLLQLDSSASHHERLELSIWAHSEMVFEQFGNVDVVGKSYAVNPMAASGLAAVLHAAALILRLREDWDWFVPLSTSDYPILPQDDILYAFSSLPKDVIFMGYNNATSFQKRQSARQIVVDPSLYLTKKASIFYAVETREKPDAFEIFGGSPWMVLTRGFLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器