当前解析结果
SmilChr06G003004| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003004 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003004 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase 7-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 42902035 - 42910378 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989735 |
|---|---|
| GeneID | 130989735 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989735 |
| 原始查询 | LOC130989735 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase 7-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase 7-like |
| Arabidopsis | AT5G15720 (GLIP7)GDSL-motif lipase 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831427] identity=45.6; qcov=0.916; evalue=6.8e-86; confidence=high |
| Rice | Os01g0748500 (OsGELP25)- identity=38.4; qcov=0.862; evalue=3.69e-68; confidence=medium |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989735 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057769800.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769800.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769800.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769800.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057769800.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:42904342 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B27,B38,B39,B44,C55 |
Chr6:42904436 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr6:42904578 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B102,B16,C2,C32,C68 |
Chr6:42907915 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B137,C22,C5 |
Chr6:42909714 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B23,B78 |
Chr6:42909714 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B23,B78 |
Chr6:42910141 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B2,C8 |
Chr6:42910162 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B46,B54,B71,C18,C2,C39,C86 |
Chr6:42910167 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B46,B54,B71,C18,C2,C39,C86 |
Chr6:42910172 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B46,B54,B71,C18,C2,C39,C86 |
Chr6:42910175 |
T |
TCC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B46,B54,B71,C18,C2,C39,C86 |
Chr6:42910177 |
G |
GTC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B46,B54,B71,C18,C2,C39,C86 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769800.1PF00657
Lipase_GDSL 37-349 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769800.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 37 | 349 | 1.2e-30 | 107.9 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。