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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003007

染色体: Chr06 坐标: 42937973-42942194 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003007
名称SmilChr06G003007
描述calcium/calmodulin-regulated receptor-like kinase 2
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向42937973 - 42942194 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989741
GeneID130989741
locus_tag-
NCBI NameLOC130989741
原始查询LOC130989741

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calcium/calmodulin-regulated receptor-like kinase 2
产物calcium/calmodulin-regulated receptor-like kinase 2
ArabidopsisAT5G15730 (CRLK2)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831429]
identity=65.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0283300
-
identity=56.2; qcov=1.02; evalue=2.14e-157; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989741

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057769806.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769806.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769806.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769806.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769806.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:42939788 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B61,B64,B67,C47,C6
Chr6:42940327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr6:42940744 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:42941440 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B98,C16,C24
Chr6:42941458 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B2,C8,D11
Chr6:42941512 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr6:42941513 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B2,C8,D11
Chr6:42941545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr6:42941627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B5,B65,B77,C49
Chr6:42941643 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 29 A20,A4,A9,B107,B114,B131,B135,B25,B30,B41,B44,B45,B48,B58,B62,B75,B80,B99,C14,C15,C25,C27,C3,C31,C35,C54,C56,C65,D6
Chr6:42941651 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 95 A10,A14,A16,A19,A2,A20,A21,A25,A4,A5,A7,A8,A9,B100,B101,B106,B107,B108,B114,B125,B128,B129,B131,B132,B135,B136,B137,B140,B18,B23,B25,B27,B30,B38,B39,B4,B40,B41,B44,B45,B48,B49,B5,B50,B57,B58,B62,B65,B70,B75,B77,B78,B79,B8,B80,B91,B99,C1,C13,C14,C15,C19,C20,C21,C22,C23,C25,C27,C3,C31,C35,C36,C37,C43,C44,C45,C47,C48,C5,C53,C54,C55,C56,C60,C65,C70,C73,C74,C77,C78,C82,C87,D1,D6,D7
Chr6:42941713 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769806.1
455 aa
N
1
228
455
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 117-404 aa PF00069 Pkinase 119-404 aa
XP_057769808.1
424 aa
N
1
212
424
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 117-373 aa PF00069 Pkinase 119-373 aa
XP_057769809.1
424 aa
N
1
212
424
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 117-373 aa PF00069 Pkinase 119-373 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769806.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 117 404 8.5e-49 166.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057769806.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 119 404 6e-48 164.2 Protein kinase domain
XP_057769808.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 117 373 1.1e-50 173.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057769808.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 119 373 2.6e-49 168.7 Protein kinase domain
XP_057769809.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 117 373 1.1e-50 173.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057769809.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 119 373 2.6e-49 168.7 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913823.1
AGTAAAATAAAAATTAAAGGCGGACATGGCCAAGACCAATATACCATTCATGGACCAAACAACATACCGGCAAATCTGGCTGTTACAAGCAATGATCTTAAATTTATTAAAAACTGTGTACCTAAATGATGCTACATACAATTAAATTTGCAAAATTTCTTTTCACCAAAACCCCATGTGGTTTATAAATTATTTTGGTTTCCATCTTAATAAAGGAGCGTTTCATTAAATCAAGAACCACTCCACGAATACGATGTGCA...
XM_057913826.1
AGTAAAATAAAAATTAAAGGCGGACATGGCCAAGACCAATATACCATTCATGGACCAAACAACATACCGGCAAATCTGGCTGTTACAAGCAATGATCTTAAATTTATTAAAAACTGTGTACCTAAATGATGCTACATACAATTAAATTTGCAAAATTTCTTTTCACCAAAACCCCATGTGGTTTATAAATTATTTTGGTTTCCATCTTAATAAAGGAGCGTTTCATTAAATCAAGAACCACTCCACGAATACGATGTGCA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130989741
ATGGTTCAAAAAACTGATCTGGTTATAATTGGAATCTCTGTTGGCTTGGCAGCAGGCTTAATCATAGCTTCTCTAGTATTTTTTGCCATTCGCTGGTACAAGAGACGTGCTCATCTTCAGCAATGTGCAAATGAGCGTTCTTCCTCTACTCTTCCAATACGTAGAAATGGCTTAAATACAAGCATTGATTTTAGTGCATCTCTTACAAATTCTGTGACCAAGGGTTCTGACGAGCCTGTCCAGAAACCCCAACATTCTTG...
LOC130989741
ATGGTTCAAAAAACTGATCTGGTTATAATTGGAATCTCTGTTGGCTTGGCAGCAGGCTTAATCATAGCTTCTCTAGTATTTTTTGCCATTCGCTGGTACAAGAGACGTGCTCATCTTCAGCAATGTGCAAATGAGCGTTCTTCCTCTACTCTTCCAATACGTAGAAATGGCTTAAATACAAGCATTGATTTTAGTGCATCTCTTACAAATTCTGTGACCAAGGGTTCTGACGAGCCTGTCCAGAAACCCCAACATTCTTG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057769806.1
MVQKTDLVIIGISVGLAAGLIIASLVFFAIRWYKRRAHLQQCANERSSSTLPIRRNGLNTSIDFSASLTNSVTKGSDEPVQKPQHSWWNNQNKDRFASVSGILRYSYKDIQKGTQNFTTILGQGSFGPVYKATMPAGEVVAVKVLASDSKQGEKEFQTEVSLLARLHHRNLVNLVGYCVDKGQHMLVYEYMSNGSLENLIYNDVEQVLSWEDRVQIALDISHGIDYLHDGAVPPVIHRDLKSANILLDRYMRAKVADFGL...
XP_057769808.1
MVQKTDLVIIGISVGLAAGLIIASLVFFAIRWYKRRAHLQQCANERSSSTLPIRRNGLNTSIDFSASLTNSVTKGSDEPVQKPQHSWWNNQNKDRFASVSGILRYSYKDIQKGTQNFTTILGQGSFGPVYKATMPAGEVVAVKVLASDSKQGEKEFQTEVSLLARLHHRNLVNLVGYCVDKGQHMLVYEYMSNGSLENLIYNDVEQVLSWEDRVQIALDISHGIDYLHDGAVPPVIHRDLKSANILLDRYMRAKVADFGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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