当前解析结果
SmilChr06G003011| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003011 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003011 |
| 描述 | vegetative cell wall protein gp1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 42987377 - 42988873 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989744 |
|---|---|
| GeneID | 130989744 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989744 |
| 原始查询 | LOC130989744 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | vegetative cell wall protein gp1-like |
| 产物 | vegetative cell wall protein gp1-like |
| Arabidopsis | AT5G15780 (AT5G15780)Pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831434] identity=47.9; qcov=0.712; evalue=3.45e-39; confidence=medium |
| Rice | Os06g0556600- identity=33.9; qcov=0.419; evalue=1.03e-08; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989744 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057769811.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.40000 | XP_057769811.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769811.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769811.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769811.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:42987949 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C62 |
Chr6:42987949 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C62 |
Chr6:42988117 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B35,C27,C48 |
Chr6:42988149 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B66,B77,B8 |
Chr6:42988150 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A8,C20 |
Chr6:42988174 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr6:42988182 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B35,C27,C48 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。